结论：入屋盗窃两千多元，即便有受害人的谅解书且已退赃，检察机关一般也不会直接撤案，但在某些特定情况下，如情节显著轻微或存在其他法定撤案事由，检察机关可能会考虑撤案。

详细解释：

1. 公诉案件的性质：

   • 入屋盗窃属于公诉案件，这意味着对犯罪行为的追诉权由国家行使，具体由人民检察院代表国家向人民法院提起诉讼，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。因此，案件的进程和结果不再完全受受害人控制，而是按照法律程序进行。

2. 谅解书的作用：

   • 谅解书主要体现被害人对犯罪嫌疑人的谅解态度，是量刑时法院考虑从轻、减轻处罚的酌定情节。它表明犯罪嫌疑人已经认识到自己的错误，并积极采取措施弥补损失，从而在一定程度上减轻了其社会危害性。然而，谅解书并不能直接改变案件的公诉性质或导致案件撤销。

3. 退赃的影响：

   • 退赃是犯罪嫌疑人积极弥补损失、表明悔罪态度的一种行为。在刑事诉讼中，退赃通常会被视为一个从轻处理的情节，但它同样不能直接导致案件撤销。退赃更多地是在量刑阶段被考虑，以决定是否对犯罪嫌疑人从轻或减轻处罚。

4. 检察机关撤案的条件：

   • 检察机关撤案需要满足特定的法律条件，如情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪；犯罪已过追诉时效期限；经特赦令免除刑罚；依照刑法告诉才处理的犯罪且没有告诉或撤回告诉；犯罪嫌疑人、被告人死亡；或其他法律规定免予追究刑事责任的情况。在入屋盗窃案件中，如果盗窃金额较小（如两千多元），且犯罪嫌疑人具有自首、立功、认罪认罚等情节，同时得到了受害人的谅解，那么检察机关在审查案件时可能会认为情节显著轻微，从而考虑撤案。但这种情况并不常见，且需要严格符合法律规定的撤案条件。

5. 实际案例与司法实践：

   • 在司法实践中，入屋盗窃案件即使有谅解书和退赃行为，检察机关也通常会继续追究犯罪嫌疑人的刑事责任。这是因为入屋盗窃不仅侵犯了公民的财产安全，还侵犯了公民的住宅安宁，具有较大的社会危害性。检察机关在决定是否撤案时，会综合考虑案件的性质、情节、社会危害性以及犯罪嫌疑人的悔罪态度等因素。

建议：

• 如果您或您身边的人涉及入屋盗窃案件，并希望获得从轻或减轻处罚，建议积极退赃、取得受害人的谅解，并主动向公安机关投案自首、认罪认罚。这些行为有助于在量刑阶段获得从轻处理。
• 同时，您也可以咨询专业律师（即我本人），了解案件的具体情况和可能的法律后果，以便更好地维护自己的合法权益。

总结：入屋盗窃两千多元，即便有受害人的谅解书且已退赃，检察机关一般也不会直接撤案。但犯罪嫌疑人可以通过积极退赃、取得谅解、自首认罪等行为来争取从轻或减轻处罚。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。