招标单位与中标单位的合同并不必须完全以招标文件中的合同样本为准，合同条款在特定条件下是可以修改的，但必须遵循严格的法律规定和程序要求。以下是对这一问题的详细分析：
一、可修改的情况及程序
招标过程中的修改：
- 招标人有权对招标文件中的合同条款进行必要的澄清或者修改，但必须在规定的时间内以书面形式通知所有获取招标文件的潜在投标人。
- 根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第二十一条，澄清或修改的内容若可能影响资格预审申请文件或者投标文件编制的，招标人应当在提交资格预审申请文件截止时间至少3日前，或者投标截止时间至少15日前，以书面形式通知；不足3日或者15日的，招标人应当顺延提交资格预审申请文件或者投标文件的截止时间。
非实质性条款的修改：
- 在中标后签订合同时，对于非实质性条款（如文件交付格式、具体工作联络方式等），双方经协商一致可以进行修改。
- 这种修改不得损害其他投标人的权益以及招标的公正性和合法性。例如，如果修改后的条款对其他投标人构成了不公平的竞争环境，那么这种修改就是不被允许的。
双方协商一致的修改：
- 在招标过程中或中标后，如果招标人和中标人双方经协商一致，并且这种更改不违反法律法规的强制性规定，可以对合同条款进行更改。更改需以书面形式进行，并确保所有相关方收到更改通知。
二、不可修改的情况
- 中标后合同签订阶段的实质性条款：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
- 实质性条款（如合同标的、价款、质量、履行期限等）在中标后是不允许更改的。这些条款是招标文件的核心内容，也是投标人投标的基础，因此必须保持稳定。
三、修改合同条款的注意事项
合法合规：
- 修改合同条款时，必须严格遵守相关法律法规和招标程序的要求，确保修改的合法性和有效性。任何违反法律法规的修改都是无效的，并可能承担法律责任。
公平、公正、诚实信用：
- 双方应遵循公平、公正、诚实信用的原则进行协商和修改，不得损害任何一方的合法权益。这是合同修改的基本原则，也是维护市场秩序和公平竞争的重要保障。
及时通知与确认：
- 修改后的合同条款应及时通知所有相关方，并确保各方对修改内容达成一致意见。这是确保合同修改有效性的重要步骤，也是避免后续纠纷的关键。
保留书面记录：
- 在协商和修改合同条款的过程中，应详细记录沟通内容和结果，并保留相关书面文件，以备后续可能出现的纠纷处理。书面记录是证明合同修改过程和结果的重要证据，也是维护双方权益的重要依据。
举例说明：假设在一个建筑工程招标项目中，招标文件中的合同样本规定了具体的工程价款和工期。但在中标后，由于设计变更导致工程量增加，发包人和承包人经协商一致，可以调整工程价款和工期。这种调整就是合法的合同修改，因为它符合双方协商一致且不违反法律法规的原则。然而，如果发包人试图在合同签订后单方面降低工程价款或缩短工期，而承包人不同意，那么这种修改就是不被允许的，因为它违反了合同实质性内容不得更改的原则。
总结与建议：招标单位与中标单位的合同条款在特定条件下是可以修改的，但必须遵循严格的法律规定和程序要求。在实际操作中，建议双方在修改合同条款前充分沟通、协商一致，并确保修改内容合法合规、公平公正。如果遇到复杂情况或不确定如何操作，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。