违章建筑在特定条件下可以主张工程款，但需分情况讨论，且主张权利存在法律风险与限制。具体分析如下：
- 合同效力与工程款主张的基础
若承包方与发包方签订了书面建设工程合同，且合同内容不违反法律强制性规定（如未涉及非法转包、挂靠等），则合同在双方之间具有约束力。即使建筑因未取得规划许可等手续被认定为违章，承包方仍有权依据《民法典》第七百九十三条主张工程款，但需满足以下条件：
- 工程已通过竣工验收或质量合格（即使未验收，承包方可证明质量符合标准）；
- 承包方对违章建筑的形成无过错（如发包方隐瞒未取得规划许可的事实）。
例外情形：若合同明确约定“以取得合法手续为付款条件”，且承包方明知建筑违法仍施工，则发包方可能以“条件未成就”抗辩，拒绝支付工程款。
违章建筑对工程款主张的限制
- 行政处罚风险：根据《城乡规划法》第六十四条，违章建筑可能面临限期拆除、没收实物或罚款等处罚。若建筑被拆除，承包方虽可主张工程款，但发包方可能因财产减少而丧失支付能力，导致执行困难。
- 所有权争议：违章建筑因未取得合法产权，其所有权存在争议。若发包方与第三方就建筑权属发生纠纷，承包方的工程款债权可能因标的物权属不明而受影响。
- 优先受偿权限制：根据《民法典》第八百零七条，承包方对建设工程价款享有优先受偿权，但该权利仅针对“合法建筑”。违章建筑因缺乏合法性，承包方可能无法行使优先受偿权，增加债权实现风险。
实务建议
- 签约前审查：承包方应在签约前核实发包方是否取得规划许可、施工许可等手续，避免因建筑违法导致合同无效或权利受限。
- 证据固定：施工过程中应保留质量合格证明、验收记录等证据，以证明工程符合约定标准，降低发包方以“质量不合格”抗辩的风险。
- 风险评估：若建筑已涉嫌违章，承包方应评估发包方财产状况及行政处罚可能性，必要时通过诉讼保全发包方其他财产，确保债权实现。
总结：违章建筑并非绝对禁止主张工程款，但需结合合同效力、工程质量、发包方过错等因素综合判断。承包方应谨慎评估法律风险，必要时通过法律途径维护权益。如有具体案件，可进一步提供细节，我将为你详细分析。