结论：公司已注销的情况下，劳动仲裁机构是否受理劳动争议案件，需根据具体情况判断。若公司注销前未依法清算或存在其他违法行为，劳动仲裁机构仍可能受理；若公司已合法清算并注销，则劳动仲裁机构可能不再受理，但劳动者可通过其他途径维权。
详细分析：
公司注销前的清算与劳动争议处理：
- 根据《公司法》及相关规定，公司注销前应当进行清算，清偿债务，包括员工工资、经济补偿金等劳动争议相关费用。若公司在注销前未依法进行清算，或者清算过程中存在违法行为（如隐匿财产、逃避债务等），导致劳动者权益受损，劳动者仍有权向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司承担相应责任。
- 在此情况下，劳动仲裁机构会受理劳动者的仲裁申请，并依据相关法律法规进行裁决。若裁决公司需承担责任，但公司已注销，劳动者可进一步向法院申请强制执行清算义务人的财产。
公司合法清算并注销后的劳动争议处理：
- 若公司已依法进行清算，并清偿了包括员工工资、经济补偿金等在内的所有债务，随后办理了注销登记，那么劳动仲裁机构通常不再受理与公司相关的劳动争议案件。因为此时公司已不具备法律主体资格，无法再承担法律责任。
- 然而，若劳动者认为公司在清算过程中存在违法行为（如未通知债权人申报债权、未依法分配剩余财产等），导致自身权益受损，劳动者可向法院提起诉讼，要求清算义务人（如公司股东、董事等）承担赔偿责任。
特殊情况下的劳动争议处理：
- 在某些特殊情况下，即使公司已注销，劳动仲裁机构或法院仍可能受理劳动争议案件。例如，若公司注销后发现存在未了结的劳动争议，或者劳动者有充分证据证明公司注销前存在违法行为且该行为与劳动争议直接相关，劳动仲裁机构或法院可能会根据具体情况决定是否受理。
法律建议：
- 对于劳动者而言，若发现公司存在注销前未依法清算或存在其他违法行为的情况，应及时向劳动仲裁机构申请仲裁，并保留好相关证据（如劳动合同、工资单、公司注销公告等）。
- 若公司已合法清算并注销，但劳动者认为自身权益受损，可咨询专业律师，了解是否可通过向法院提起诉讼等方式维权。
- 在处理劳动争议过程中，劳动者应密切关注公司注销的进展情况，确保自身权益不受损害。
可能法律后果：
- 若劳动者成功申请仲裁并获得裁决支持，但公司已注销且无法执行，劳动者可向法院申请强制执行清算义务人的财产。
- 若劳动者未能在公司注销前及时申请仲裁或提起诉讼，可能导致自身权益无法得到有效保障。因此，劳动者应尽早采取行动，维护自身合法权益。