结论：公司担保虽无股东会决议但已还款，担保的效力问题需根据具体情况综合分析，不能仅凭还款行为就断定担保有效或无效。不过，一般情况下，若担保行为违反法律或公司章程规定，即使已经还款，担保合同本身仍可能被认定无效；但在某些特殊情况下，如相对人善意且尽到合理审查义务，担保仍可能被认定有效。以下从不同角度为您详细分析：
一、对内担保（为公司股东或实际控制人提供担保）
法律规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》第十六条第二款，公司为公司股东或者实际控制人提供担保，必须经股东会或者股东大会决议。且被担保的股东不得参与表决，需由出席会议的其他股东所持表决权的过半数通过。
效力认定：
- 若未经股东会或股东大会决议，该担保合同通常被认定为无效。这是为了保护公司其他股东和债权人的利益，防止权力滥用。即使公司已经还款，也不能改变担保合同未经合法决议程序的事实，因此担保合同本身仍可能无效。
二、对外担保（为除股东或实际控制人以外的其他人提供担保）
相对人善意情况：
- 法律规定：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉有关担保制度的解释》，若相对人善意（即不知或不应当知道公司未依法作出决议），担保合同有效。
- 司法实践：若公司章程有对外担保规定，但公司未按规定召开股东会决议，而债权人已尽合理注意义务（如查看公司章程、要求提供决策文件等），仍有理由相信担保为公司真实意思表示，则担保合同有效。即使公司已经还款，也进一步证明了担保行为的实际履行，但担保合同的效力仍取决于相对人是否善意及是否尽到审查义务。
相对人非善意情况：
- 法律规定：相对人非善意（即明知或应知公司未依法作出决议）时，担保合同无效。
- 司法实践：若债权人明知或根据商业常识及合理注意义务应知公司未经合法决议程序，却仍接受担保，则担保合同可能被认定无效。即使公司已经还款，也不能改变担保合同无效的事实，因为还款行为可能是基于其他原因（如公司资金充裕、避免法律纠纷等），并不能证明担保合同的合法性。
三、特殊情况：上市公司对外担保
- 特殊要求：上市公司对外担保需经董事会或股东大会审议，并及时披露信息。
- 效力判断：若上市公司未经上述程序提供担保，一般视为无效。但若相对人能证明其已尽充分注意义务且无过错，担保仍有可能被认定有效。对于上市公司而言，即使已经还款，也不能忽视其对外担保的特殊程序要求，否则仍可能面临担保合同无效的风险。
四、综合分析与建议
- 综合分析：法院在判断公司担保无股东会决议的效力时，会综合考虑公司章程、相对人的注意义务、公司实际经营情况等多种因素。还款行为虽然证明了担保行为的实际履行，但并不能单独作为判断担保合同效力的依据。
- 操作建议：
- 公司角度：为确保担保行为合法有效，公司应在提供担保前严格履行内部决策程序，遵守相关法律法规和公司章程规定。同时，应建立健全的担保管理制度，明确担保的决策程序、审批权限和风险控制措施。
- 相对人角度：在接受担保时，相对人也应尽到合理的审查义务，如查看公司章程、要求提供决议文件等，以确保自身权益不受损害。若发现公司未经合法决议程序提供担保，应谨慎考虑是否接受担保，并咨询专业律师的意见。
综上所述，公司担保虽无股东会决议但已还款，担保的效力问题需根据具体情形综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。