要确定对违建房屋拥有合法使用权，这确实是一个相对复杂且需要细致处理的问题。以下是我为您详细梳理的步骤和建议，希望能帮助您更好地理解和解决这个问题：
一、明确违建原因与性质
首先，您需要明确房屋被认定为违建的具体原因。这可能涉及规划、土地、建设等多个方面的法律法规。了解违建的性质（如是否属于严重违法、是否可整改等）是后续处理的基础。
二、尝试整改与补救
整改措施：根据违建的具体问题，您可以考虑采取相应的整改措施，如拆除部分违规建筑、调整房屋用途等，以使其符合相关法律法规的要求。
补办手续：如果房屋的建设位置、面积、用途等符合城乡规划，您可以主动向当地规划、建设等相关部门提出补办手续的申请。这通常需要提交土地使用证明、房屋建设图纸、建设情况说明等相关材料。相关部门审核后，如符合条件，会为您办理相关审批手续，并可能要求您缴纳罚款或相关费用。
三、接受审查与验收
提交补办手续申请后，您的材料将经过相关部门的严格审查，并可能对房屋进行现场勘查。如果整改符合规定且申请材料齐全，相关部门会出具合法的证明文件或批准文件，这是房屋合法化进程的重要一步。
四、法律途径纠正错误认定
行政复议：如果您认为房屋被错误地认定为违建，如因行政机关事实认定不清、适用法律错误、程序违法等，您可以向作出违建认定的行政机关的上一级行政机关或复议机关提出行政复议申请。
行政诉讼：如对行政复议决定不服，您还可以直接向人民法院提起行政诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
五、关注历史遗留问题处理政策
对于因历史原因形成的违建房屋，且当时建设行为具有一定合理性，您可以关注当地政府关于历史遗留违建问题的处理政策。按照政策要求提交相关材料，申请对房屋进行合法化处理。
六、咨询专业律师
在整个处理过程中，咨询专业的房地产律师至关重要。律师可以为您提供具体的法律建议和指导，帮助您更好地理解和应对相关法律法规的要求，确保您的合法权益得到充分维护。
总结与建议
处理违建房屋问题需要综合考虑多个方面，包括了解违法原因、采取整改补救措施、补办相关手续、接受审查与验收，以及通过法律途径纠正错误认定或寻求特殊政策处理。我建议您在整个过程中保持谨慎态度，积极与相关部门沟通，并寻求专业法律意见。这样，您才能更有效地确定对违建房屋的合法使用权，并维护自己的合法权益。