核心结论：公司因药监检查被扣货，若公司无正当理由拒绝交货，您可通过协商、投诉、诉讼等途径解决。以下是具体分析：

1. 药监检查的合法性及扣货依据

• 药监部门有权依法对药品生产、经营企业进行检查，若发现存在违法行为（如生产假药、劣药、未按规定储存药品等），可依据《药品管理法》《药品经营质量管理规范》等规定采取查封、扣押等强制措施。
• 关键点：需确认药监部门是否依法出具了《查封/扣押决定书》及《物品清单》，并明确扣押期限（一般不超过30日，特殊情况可延长30日）。若程序违法，公司可申请行政复议或提起行政诉讼要求解除扣押。

2. 公司拒绝交货的合法性分析

• 合法情形：若药品因被药监扣押而无法交付，且公司已积极配合调查、提供相关证明材料，此时拒绝交货可能属于不可抗力或政府行为导致的履行不能，公司不构成违约。
• 违法情形：若药监检查未实际扣押货物，或扣押期限已届满且未续期，或公司存在其他违约行为（如未按时补货、恶意囤货等），则公司拒绝交货可能构成违约，您有权要求其继续履行合同或赔偿损失。

3. 您的救济途径

• 协商解决：首先与公司沟通，要求其说明拒绝交货的具体原因（如药监扣押、质量问题等），并要求提供相关证明文件（如扣押决定书、检验报告等）。若公司无正当理由，可要求其限期交货或赔偿损失。
• 投诉举报：若公司涉嫌违法（如销售假药、拒不履行合同等），可向当地药监部门或市场监管部门投诉，要求其介入调查并督促公司履行义务。
• 民事诉讼：若协商、投诉无果，可依据《民法典》合同编相关规定，向法院提起诉讼，要求公司继续履行合同、赔偿损失或解除合同并返还货款。
• 行政诉讼：若认为药监部门扣押行为违法，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销扣押决定并赔偿损失（但需注意，行政诉讼针对的是药监部门，而非公司）。

4. 风险提示

• 证据收集：务必保留合同、付款凭证、沟通记录、药监扣押文件等证据，以证明公司违约或药监行为违法。
• 时效限制：民事诉讼的诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算，建议尽快行动。
• 专业协助：药品监管领域法律关系复杂，建议委托律师协助处理，以提高维权效率。

总结：公司因药监检查拒绝交货是否合法，需结合扣押程序、合同约定及公司行为综合判断。您可优先通过协商、投诉解决，若无效则及时启动法律程序。如有进一步疑问或需具体指导，可直接向我咨询。