结论：一期建设工程施工款未结算，并不直接影响二期工程的施工许可办理，但需满足一定条件并遵循相关法律法规。具体能否办理，需结合实际情况及当地建设行政主管部门的要求来判断。
法律背景与解释：
施工许可的办理条件：
- 根据《中华人民共和国建筑法》及相关规定，办理施工许可证通常需要满足一系列条件，如已经办理该建筑工程用地批准手续、在城市规划区的建筑工程已经取得规划许可证、需要拆迁的其拆迁进度符合施工要求等。一期工程款未结算并不直接属于这些条件之一。
- 施工许可的办理主要关注的是工程项目的合法性、规划性、安全性以及施工单位的资质等，而一期工程款的结算情况更多涉及的是合同履行和民事纠纷范畴。
一期工程款未结算的影响：
- 虽然一期工程款未结算不直接影响施工许可的办理，但它可能间接影响建设单位的信誉和资金状况，进而影响二期工程的筹备和推进。
- 如果一期工程款未结算导致建设单位与施工单位之间产生严重纠纷，甚至可能引发法律诉讼，这可能会对二期工程的施工许可办理产生一定的阻碍或影响，如需要提供额外的担保或证明等。
实际操作中的考虑：
- 在实际操作中，建设行政主管部门可能会根据当地的具体情况和政策要求，对施工许可的办理进行一定的灵活处理。例如，如果一期工程款未结算是由于特殊原因造成的，且建设单位能够提供充分的证明和担保，那么二期工程的施工许可办理可能会得到批准。
- 另外，如果一期工程款未结算的问题已经通过法律途径解决，且判决结果对建设单位有利，那么这也会为二期工程的施工许可办理提供有力的支持。
法律建议：
- 及时沟通协商：建设单位应与施工单位就一期工程款的结算问题进行及时沟通协商，尽量达成和解或制定合理的还款计划，以避免因纠纷影响二期工程的推进。
- 准备充分材料：在办理二期工程施工许可时，建设单位应准备充分的材料证明其合法性和信誉度，如一期工程的合法手续、资金状况证明、与施工单位的和解协议等。
- 咨询当地部门：由于不同地区的建设行政主管部门对施工许可的办理要求可能存在差异，因此建设单位在办理前最好咨询当地部门的具体要求和流程。
可能的法律后果：
- 如果建设单位在未满足施工许可办理条件的情况下擅自开工建设，可能会面临行政处罚，如罚款、停工整顿等。
- 如果一期工程款未结算问题引发法律诉讼，且判决结果对建设单位不利，那么建设单位可能需要承担相应的民事责任，如支付工程款、违约金等。
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