结论前置：起诉期间借条被借款人拿走，但双方又签了新的还款协议，原起诉并不因此完全失效，但具体效力需结合新还款协议的内容及履行情况来判断。

详细分析：

1. 原借条的法律效力：

   • 借条作为债权债务关系的直接证据，其法律效力并不因被借款人拿走而自动消失。只要借条内容真实、合法，且能证明双方之间存在借贷关系，它仍然具有法律效力。
   • 然而，借条的物理存在（即原件）在诉讼中通常作为重要证据提交。如果借条原件被借款人拿走，出借人可能需要通过其他方式（如复印件、电子证据、证人证言等）来证明借贷关系的存在。

2. 新还款协议的法律效力：

   • 双方签订的新还款协议，如果内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律法规的强制性规定，那么该协议具有法律效力。
   • 新还款协议可能对原借贷关系的某些条款（如还款期限、利率、还款方式等）进行了修改或补充。在这种情况下，新协议的内容将优先于原借条的相应条款。

3. 起诉的效力及后续处理：

   • 如果出借人已经基于原借条提起了诉讼，而借款人在此期间拿走了借条并签订了新的还款协议，这并不意味着原诉讼自动失效。出借人可以继续推进原诉讼，但同时需要考虑新还款协议对原诉讼可能产生的影响。
   • 出借人也可以选择根据新还款协议与借款人协商解决纠纷，或者根据新协议的内容撤回原诉讼并重新提起诉讼。这取决于新协议的具体内容以及出借人的诉讼策略。
   • 如果新还款协议已经得到了部分或全部履行，那么这将对原借贷关系的余额以及出借人的诉讼请求产生直接影响。

4. 建议与策略：

   • 出借人应尽快收集并保存所有与借贷关系相关的证据，包括但不限于借条的复印件、电子证据、转账记录、证人证言等。
   • 出借人应仔细审查新还款协议的内容，评估其对原借贷关系的影响以及可能带来的法律后果。
   • 如果出借人决定继续推进原诉讼或根据新协议重新提起诉讼，建议咨询专业律师以制定合适的诉讼策略。

可能的情况与后果：

• 情况一：新还款协议未改变原借贷关系的基本框架，仅对还款期限、利率等进行了微调。在此情况下，原诉讼可能继续有效，但出借人可能需要根据新协议调整诉讼请求。
• 情况二：新还款协议对原借贷关系进行了重大修改，如免除了部分债务、改变了还款方式等。在此情况下，出借人可能需要考虑撤回原诉讼并根据新协议重新提起诉讼。
• 情况三：新还款协议已经得到了部分或全部履行。在此情况下，出借人的诉讼请求将相应减少或消失，可能需要与借款人协商解决剩余纠纷或撤回诉讼。

总结与建议：

起诉期间借条被借款人拿走并签订了新的还款协议，并不意味着原起诉完全失效。出借人应根据新还款协议的内容及履行情况，结合原借贷关系的实际情况，制定合适的诉讼策略。如有需要，建议直接向我咨询以获取更具体的法律建议。