结论前置：已签订社区卫生服务站转让合同并约定变更法人负责人，这一约定本身在法律上是合法的，但具体是否有效及能否顺利执行，还需根据合同的具体内容、签订程序以及相关法律法规的规定来综合判断。
法律背景与解释：
合同自由原则：
- 在民事法律关系中，合同自由是一项基本原则。只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实，合同即具有法律效力。因此，转让合同中约定变更法人负责人，从原则上讲，是合法的。
法人变更的法律规定：
- 法人变更，包括法人名称、住所、经营场所、法定代表人、经济性质、经营范围、经营方式、注册资金、经营期限，以及增设或者撤销分支机构等事项的变更，需依法办理变更登记。对于社区卫生服务站这样的法人实体，其法人负责人的变更也需遵循相关法律法规的规定，如提交相关材料、经过审批程序等。
合同的具体内容与签订程序：
- 转让合同的具体内容，如转让价格、支付方式、转让条件、变更法人负责人的具体安排等，需明确、合法且合理。同时，合同的签订程序也需合法，如双方需具备签订合同的资格、合同需经双方协商一致后签订等。
可能的情况与建议：
合同内容合法且程序正当：
- 如果转让合同的内容合法，且签订程序正当，那么约定变更法人负责人的条款是有效的。此时，双方应按照合同约定履行各自义务，如办理法人变更登记手续等。
合同内容存在违法或不合理之处：
- 如果转让合同的内容存在违法或不合理之处，如转让价格显失公平、变更法人负责人的安排违反法律法规等，那么该条款可能无效或可撤销。此时，受损方有权要求撤销或变更合同，并可能追究对方的违约责任。
合同签订程序存在瑕疵：
- 如果合同签订程序存在瑕疵，如一方未具备签订合同的资格、合同未经双方协商一致即签订等，那么合同可能无效或可撤销。此时，双方应协商解决争议，或通过法律途径解决纠纷。
法律后果与风险提示：
- 如果双方未能按照合同约定履行义务，如未办理法人变更登记手续等，可能面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。
- 在签订转让合同时，建议双方充分了解相关法律法规的规定，明确各自的权利和义务，以避免潜在的法律风险。
进一步行动建议：
- 如果你对转让合同的具体内容或签订程序存在疑问，或担心可能存在的法律风险，可以直接向我咨询。我可以根据你的具体情况，提供详细的法律分析和建议。