结论：自然人入股的集体所有制企业倒闭后，股东出资建的房屋的所有权归属问题，需根据房屋的登记情况、出资协议以及相关法律法规进行综合判断。以下分情况详细说明：

1. 房屋登记在企业名下：

   • 法律背景：若房屋登记在集体所有制企业名下，根据《中华人民共和国民法典》中关于物权的规定，不动产的权属以登记为准。因此，房屋在法律上应被视为企业的财产。
   • 法律后果：在企业倒闭进行清算时，该房屋将作为企业的资产被纳入清算范围，用于清偿企业的债务。股东作为企业的出资人，其出资已转化为企业的资产，因此不能直接主张对房屋的所有权。
   • 特殊情况：如果股东能够证明其出资建房时与企业有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，如约定房屋建成后归股东所有或股东享有特定权益等，那么可能根据约定来确定房屋的归属。但这种情况需要具体的证据支持，且可能涉及复杂的法律争议。

2. 房屋登记在股东个人名下：

   • 法律背景：若房屋登记在股东个人名下，根据物权登记的原则，房屋应被视为股东的个人财产。
   • 法律后果：在企业倒闭时，该房屋不属于企业的资产，因此不会被纳入清算范围。股东可以保留对该房屋的所有权，不受企业倒闭的影响。
   • 注意事项：然而，如果股东在出资建房时使用了企业的资金或资源，或者与企业有其他形式的约定，那么可能涉及企业与股东之间的债权债务关系。在这种情况下，企业或其他债权人可能有权要求股东返还相关资金或资源，或者根据约定分享房屋的部分权益。

3. 出资协议与房屋归属的约定：

   • 法律背景：股东在入股时与企业签订的出资协议是确定双方权利义务的重要依据。如果出资协议中明确约定了房屋的归属问题，那么应优先按照协议的约定来确定房屋的归属。
   • 法律后果：如果出资协议约定房屋归企业所有，那么即使房屋是由股东出资建造的，股东也不能主张所有权。反之，如果出资协议约定房屋归股东所有或股东享有特定权益，那么应按照协议的约定来执行。
   • 协议效力：需要注意的是，出资协议的约定必须合法有效，且不得违反法律法规的强制性规定。如果协议存在无效或可撤销的情形，那么可能无法按照协议的约定来确定房屋的归属。

法律建议：

• 对于股东而言，在出资建房前应与企业签订明确的出资协议，并约定房屋的归属问题。同时，应确保出资协议的合法性和有效性，以避免后续的法律争议。
• 在企业倒闭进行清算时，股东应积极配合清算工作，并提供相关证据来证明自己的权益。如果股东认为自己的权益受到侵害，可以依法向清算组提出异议或向法院提起诉讼。
• 对于涉及复杂法律争议的情况，建议股东咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。

可能的其他法律后果：

• 如果房屋归属问题无法通过协商或清算程序解决，那么可能涉及诉讼程序。在诉讼过程中，法院将根据相关法律法规和证据材料来判决房屋的归属问题。
• 如果股东在出资建房过程中存在违法行为或违反出资协议的约定，那么可能面临法律责任和赔偿义务。

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