结论：在合同纠纷案件中，若被告在精神病发病期且有病历证明其无法参与庭审，而法院按缺席判决，这一程序是否合法需分情况讨论。一般来说，如果法院未依法为被告指定法定代理人或未采取其他必要措施保障其诉讼权利，直接缺席判决可能程序违法；但如果法院已依法履行相关程序，缺席判决则可能是合法的。

分析说明：

1. 被告在精神病发病期的诉讼能力：

   • 根据相关法律规定，精神病患者在发病期间可能被认定为无诉讼行为能力人或限制诉讼行为能力人。这意味着他们可能无法独立进行诉讼活动，包括出庭应诉、陈述意见、提供证据等。
   • 在此情况下，为了保障被告的诉讼权利，法院应当为其指定法定代理人，如监护人，以代表其参与诉讼。

2. 法院缺席判决的合法性：

   • 缺席判决通常是在被告无正当理由拒不到庭或未经法庭许可中途退庭的情况下作出的。然而，在被告因精神病发病而无法出庭的特殊情况下，法院不能简单地将其视为无正当理由拒不到庭。
   • 如果法院在未依法为被告指定法定代理人或未采取其他必要措施（如延期审理、中止诉讼等）保障其诉讼权利的情况下，直接缺席判决，那么这一程序可能是违法的。因为这剥夺了被告参与诉讼、陈述意见和提供证据的权利，违反了诉讼程序公正的原则。
   • 相反，如果法院已经依法为被告指定了法定代理人，或者已经采取了其他必要措施保障其诉讼权利，但被告仍然无法出庭或拒绝出庭，那么法院在查明事实的基础上作出缺席判决，则可能是合法的。

3. 实际操作中的建议：

   • 对于被告方而言，如果认为法院缺席判决程序违法，可以在法定期限内提出上诉或申请再审，要求撤销原判决并重新审理。在上诉或申请再审过程中，应提供充分的证据证明被告在精神病发病期无法参与庭审，以及法院未依法保障其诉讼权利的事实。
   • 对于法院而言，在处理涉及精神病患者的案件时，应更加谨慎和细致。在查明被告诉讼能力的基础上，依法为其指定法定代理人或采取其他必要措施保障其诉讼权利。如果确实无法保障被告的诉讼权利，可以考虑延期审理或中止诉讼等措施。

后续行动建议：

• 如果您是被告方或其家属，对法院的缺席判决有异议，建议尽快收集相关证据（如病历、诊断证明等），并在法定期限内提出上诉或申请再审。
• 在处理此类案件时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。作为专注于刑事辩护和合同纠纷领域的律师，我可以为您提供专业的法律帮助和解答。

法律依据（虽未直接引用具体法条，但基于诉讼程序公正原则及诉讼行为能力相关规定进行推理）：

• 诉讼程序公正原则要求法院在审理案件时，必须保障各方当事人的诉讼权利得到平等、充分的行使。
• 诉讼行为能力相关规定明确了精神病患者在发病期间的诉讼地位及法院应采取的保障措施。