在诉讼过程中，如果单位拒绝提供关键证据的原件，法院会根据不同情况采取相应处理措施，具体如下：

1. 法院可依职权调查取证
   根据《民事诉讼法》第六十七条，若证据属于国家有关部门保存的档案材料，或涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私，以及当事人因客观原因不能自行收集的（如原件由单位控制），法院可依职权或应申请调查取证。此时，法院可能向单位发出《协助调查函》，要求其限期提交原件；若单位仍拒不配合，法院可依据《民事诉讼法》第一百一十四条，对单位处以罚款（5万-100万元），对直接责任人员处以罚款（1万-10万元）或拘留（15日以下）。

2. 法院可推定对方主张成立
   若单位持有原件却无正当理由拒不提交，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第九十五条，法院可推定“该证据的内容不利于证据持有人”。例如，若单位拒绝提交劳动合同原件，法院可能直接认定劳动关系存在；若拒绝提交财务凭证原件，可能推定原告主张的欠款金额成立。

3. 当事人可申请证据保全
   在起诉前或诉讼中，当事人可向法院申请证据保全（需提供担保），法院可采取查封、扣押、录音录像等措施固定证据。若单位仍阻挠，法院可强制执行保全措施，并对单位妨碍民事诉讼的行为予以制裁。

4. 单位可能承担败诉风险
   若单位因拒不提交原件导致关键事实无法查清，法院将依据《民事诉讼法》第六十八条“谁主张，谁举证”原则，判决未完成举证责任的一方（通常是单位）承担不利后果。例如，在劳动争议中，单位拒不提交工资发放记录原件，法院可能直接采信劳动者主张的工资标准。

实务建议：

• 当事人应提前通过书面函件、律师函等方式要求单位提供原件，并保留送达证据；
  
• 申请法院调查取证时，需明确证据名称、存放地点及与案件的关联性；
  
• 若单位以“原件丢失”等理由抗辩，可要求其提供书面说明并申请司法鉴定；
  
• 涉及重大权益时，建议同步向劳动监察部门（劳动案件）或市场监管部门（商业纠纷）投诉，形成行政压力。
  

如有具体案件细节，可进一步向我说明，我将结合证据规则和类案裁判观点为您分析。