针对您提出的“水田填土，执法部门扣留工具怎么处理”这一问题，核心结论是：您需要先确认执法部门扣留工具的合法性，再根据具体情况采取配合调查、申请复议或提起诉讼等措施。以下是详细分析：

1. 确认执法部门扣留工具的合法性

   • 法律依据：执法部门扣留工具通常需要有明确的法律依据，如《土地管理法》、《行政处罚法》等相关法律法规。这些法律可能规定了对于非法占用土地、破坏耕地等行为，执法部门有权采取查封、扣押等强制措施。
   • 程序要求：执法部门在扣留工具时，应当遵循法定程序，如出示执法证件、告知扣留理由、制作扣留清单等。如果执法部门未遵循这些程序，其扣留行为可能构成违法。

2. 根据合法性采取相应措施

   • 如果扣留合法：

     • 配合调查：您应当积极配合执法部门的调查工作，提供相关证据和资料，以说明水田填土的具体情况和原因。
     • 接受处罚：如果执法部门认定您的行为违法，并依法作出处罚决定，您应当接受处罚，并按照处罚决定的要求进行整改或缴纳罚款。
     • 申请复议或诉讼：如果您对处罚决定不服，可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

   • 如果扣留违法：

     • 提出异议：您可以向执法部门提出异议，要求其说明扣留工具的合法依据和程序。如果执法部门无法提供合法依据或程序存在瑕疵，您可以要求其立即解除扣留。
     • 申请复议或诉讼：如果执法部门拒绝解除扣留或您对其处理结果不满，您可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。在复议或诉讼过程中，您可以要求确认执法部门的扣留行为违法，并要求其赔偿因此给您造成的损失。

3. 注意事项

   • 保留证据：在整个过程中，您应当注意保留相关证据，如执法部门的扣留清单、处罚决定书、现场照片等。这些证据将有助于您在后续的复议或诉讼中维护自己的权益。
   • 及时咨询：由于法律问题具有复杂性和专业性，如果您对执法部门的扣留行为或处罚决定存在疑问或不满，建议及时向我咨询，以便获得更具体和专业的法律建议。