关于三方协议中主管部门是否必须盖章的问题，这主要取决于三方协议的具体类型和签订场景。以下我将从两种常见的三方协议签订场景出发，为您详细解答：
一、毕业生就业三方协议
在毕业生就业场景中，三方协议通常由学校、用人单位和毕业生三方签订。这一协议的主要目的是明确三方在就业择业过程中的权利义务关系。在此类协议中：
用人单位盖章：用人单位在协议上签署意见并盖章是必须的，这代表了用人单位对协议内容的认可和接受。
学校或院系盖章：毕业生填写完相关信息并提交给用人单位后，用人单位盖章后的协议通常需要由院系或学校就业部门审核并盖章。这一步骤是为了确保协议内容符合学校的相关规定和要求，同时也是对毕业生就业权益的一种保障。
主管部门盖章：在毕业生就业的三方协议中，通常并不涉及“主管部门”这一盖章环节。这里的“主管部门”可能指的是教育部门或相关就业指导机构，但它们一般不直接参与三方协议的盖章过程。协议的合法性和有效性主要通过学校、用人单位和毕业生三方的签字盖章来确认。
二、财税库银横向联网三方协议
在财税库银横向联网的场景中，三方协议由税务机关、商业银行和纳税人（企业或个人）三方签订。这一协议的主要目的是实现税款的自动划转和缴纳。在此类协议中：
税务机关盖章：税务机关在协议上盖章是必须的，这代表了税务机关对协议内容的认可和接受，同时也是对纳税人缴税行为的一种监管。
商业银行盖章：商业银行作为税款划转的中间环节，也需要在协议上盖章以确认其参与和责任。
纳税人盖章/签字：根据纳税人的类型（企业或个人），纳税人需要在协议上加盖公章或由法定代表人/纳税人本人签字。
主管部门盖章：在此类协议中，如果提到的“主管部门”是指税务机关或商业银行的上级机构，那么它们通常不会直接在每一份三方协议上盖章。协议的合法性和有效性主要通过税务机关、商业银行和纳税人三方的签字盖章来确认。然而，在某些特定情况下，如涉及跨地区或跨部门的合作，可能会有更高层级的主管部门进行盖章或确认，但这并不是普遍情况。
总结
如果您在签订三方协议时遇到具体问题或疑虑，建议咨询相关机构或专业人士以获取更准确的指导和帮助。