法人代表偷偷补办公章属于严重违反公司治理程序和可能涉嫌违法的行为，应当立即采取措施制止并追究责任。具体处理方式如下：

1. 内部处理：

   • 紧急会议：立即召开公司董事会或股东会（根据公司章程规定），通报法人代表偷偷补办公章的情况，并形成书面决议，明确表示该行为未经授权，公章补办无效。
   • 公告声明：通过公司官方渠道（如官网、公告栏等）发布声明，说明公章被非法补办的情况，并告知相关方该公章自补办之日起无效，以防止不法分子利用该公章进行违法活动。
   • 收回公章：如果可能，尽快收回被非法补办的公章，并妥善保管，防止再次流失。

2. 法律追究：

   • 报警处理：向当地公安机关报案，说明法人代表偷偷补办公章的事实，并提供相关证据（如公司章程、董事会决议、公章补办记录等）。公安机关将依法进行调查，并根据调查结果对涉事人员进行处理。
   • 民事诉讼：如果法人代表的行为给公司造成了经济损失，公司可以向法院提起民事诉讼，要求法人代表赔偿损失。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明法人代表的行为与损失之间的因果关系。
   • 行政处罚：如果法人代表的行为违反了相关行政法规（如《公司登记管理条例》等），公司还可以向相关行政部门投诉，要求对法人代表进行行政处罚。

3. 完善公司治理：

   • 修订公司章程：对公司章程进行修订，明确公章的管理、使用、补办等程序，防止类似事件再次发生。
   • 加强内部控制：建立健全公司内部控制制度，加强对公章、财务等重要事项的管理和监督，确保公司运营的合规性和安全性。
   • 培训教育：对公司员工进行法律知识和公司治理方面的培训教育，提高员工的法律意识和合规意识，共同维护公司的合法权益。

在处理过程中，公司应当保持冷静、理性，依法依规进行操作，避免采取过激行为或违法手段。如果公司在处理过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我将为你提供专业、详细的法律解答。