土地确权后边界被侵占的认定，主要依据确权证书、现场勘查、历史使用情况及相关法律法规进行综合判断。以下从几个关键角度详细阐述认定方法：

1. 确权证书的核对：

   • 土地确权后，相关部门会颁发确权证书，明确土地的边界、面积、使用权人等信息。这是认定边界是否被侵占的首要依据。
   • 当发现边界争议时，首先应核对确权证书上的边界描述与实际土地边界是否一致。如果确权证书上的边界清晰明确，且实际边界与之不符，则可能构成边界侵占。

2. 现场勘查与测量：

   • 在核对确权证书的基础上，应进行现场勘查和测量，以确定实际土地边界。
   • 勘查过程中，可以邀请专业测量机构或相关部门参与，确保测量结果的准确性和权威性。
   • 如果现场勘查结果显示实际边界与确权证书上的边界存在偏差，且该偏差非因自然因素（如河流改道、土地塌陷等）导致，则可能构成边界侵占。

3. 历史使用情况的考察：

   • 考察土地的历史使用情况，包括过去的使用者、使用方式、使用时间等，有助于判断边界的合理性。
   • 如果历史使用情况显示，某块土地长期由某一使用者使用，且其使用范围与确权证书上的边界相符，而近期出现边界争议，则可能构成边界侵占。

4. 相关法律法规的适用：

   • 在认定边界是否被侵占时，应适用相关法律法规，如《土地管理法》、《农村土地承包法》等。
   • 这些法律法规对土地的使用、管理、保护等方面做出了明确规定，为认定边界侵占提供了法律依据。
   • 例如，根据《土地管理法》的相关规定，任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。如果发现有人非法侵占土地边界，可以依法追究其法律责任。

5. 争议解决机制的运用：

   • 在边界争议无法通过协商解决时，可以运用争议解决机制，如申请行政复议、提起行政诉讼等。
   • 行政复议和行政诉讼是解决土地边界争议的重要途径，它们可以提供专业的法律判断和裁决，有助于维护当事人的合法权益。

在认定过程中，还需注意以下几点：

• 保持客观公正：在认定边界是否被侵占时，应保持客观公正的态度，不受任何外部因素的影响。
• 尊重历史事实：在考察历史使用情况时，应尊重历史事实，不歪曲、不篡改历史记录。
• 依法处理争议：在处理边界争议时，应依法进行，不采取非法手段或暴力行为。

若您遇到土地确权后边界被侵占的问题，建议首先收集相关证据，如确权证书、现场照片、历史使用记录等，然后与对方进行协商。如果协商无果，可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。