结论：债权人在判决书两年后没申请执行，并不意味着该债权就变成了自然债务。是否变为自然债务，关键在于是否超过了法律规定的申请执行期限以及是否存在时效中断、中止等法定情形。
分析说明：
申请执行期限：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间为二年。这个期限是从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；如果法律文书规定分期履行的，则从最后一期履行期限届满之日起计算；如果法律文书未规定履行期间的，则从法律文书生效之日起计算。
- 如果债权人在这个二年期限内没有申请执行，那么原则上，该债权就失去了通过法院强制执行来保障的权利。但这并不意味着债权就变成了自然债务，即债权人仍然享有债权，只是无法再通过法院强制执行程序来实现。
时效中断与中止：
- 在申请执行期限内，如果存在时效中断或中止的法定情形，如债权人向债务人提出履行请求、债务人同意履行义务、债权人提起诉讼或申请仲裁等，那么申请执行期限可能会重新计算或暂停计算。
- 因此，即使判决书出具后超过了两年，但如果存在时效中断或中止的情形，债权人仍然有可能在新的期限内申请执行。
自然债务的概念：
- 自然债务通常指的是那些无法通过法律强制执行来保障的债务，如超过诉讼时效的债务。但需要注意的是，即使债务变为自然债务，债务人自愿履行的，仍然有效，且债权人受领该履行不构成不当得利。
- 在本题中，如果债权人在判决书两年后没有申请执行，且不存在时效中断或中止的情形，那么该债权虽然无法通过法院强制执行来保障，但仍然属于债权人的合法债权，只是可能被视为自然债务的一种表现（即无法强制执行，但债务人自愿履行的仍有效）。然而，严格来说，只有超过诉讼时效的债务才更准确地被称为自然债务，而申请执行期限的超过并不直接等同于诉讼时效的超过。
行动建议：
- 对于债权人：如果判决书出具后已经超过两年且未申请执行，建议尽快咨询专业律师，了解是否存在时效中断或中止的情形，以及是否还有其他途径可以保障自己的债权。
- 对于债务人：如果债权人未在规定期限内申请执行，且不存在时效中断或中止的情形，债务人可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及是否可以提出时效抗辩等。
特殊场景：
- 如果债权人在判决书两年后才发现债务人有可供执行的财产，或者债务人在此期间有逃避执行的行为，债权人仍然可以咨询专业律师，了解是否可以通过其他法律途径来保障自己的债权。
法律依据：
- 《中华人民共和国民事诉讼法》第二百四十六条：“申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。前款规定的期间，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；法律文书规定分期履行的，从最后一期履行期限届满之日起计算；法律文书未规定履行期间的，从法律文书生效之日起计算。”
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