在行政案件办理过程中，等待多方回函的时间通常计入办案时间，但存在例外情形。具体分析如下：
一般原则：等待时间计入办案期限
根据《行政处罚法》《行政许可法》及相关程序规定，行政机关办理案件的期限自立案之日起计算，包括调查取证、审查决定、送达等各阶段。等待当事人、第三方或下级机关回函的时间属于调查取证环节的合理耗时，除非法律明确排除。例如：
- 在行政处罚案件中，若需其他部门协助调查（如调取证据、核实情况），等待回函的时间一般计入办案期限；
- 在行政许可案件中，若需专家评审或第三方机构出具意见，等待时间通常也计入期限。
例外情形：可扣除的等待时间
若等待时间因不可抗力、当事人原因或法律明确排除，可能不计入办案期限：
- 不可抗力：如自然灾害、疫情等导致回函延迟，行政机关可依法延长期限；
- 当事人原因：如当事人拒绝配合、拖延提供材料，导致行政机关需等待，可能扣除相应时间；
- 法律明确排除：如《市场监督管理行政处罚程序规定》规定，检验、检测、鉴定等期间不计入办案期限，但此类情形通常针对专业技术性工作，而非普通回函。
实务建议
- 行政机关：应在立案时合理预估回函时间，避免超期；若需延长期限，应依法履行审批手续并告知当事人。
- 当事人：若认为行政机关拖延，可要求其出具书面说明，或通过复议、诉讼途径监督程序合法性。
总结：等待回函的时间原则上计入办案期限，但需结合具体情形和法律规定判断。如有争议，建议结合案件类型和地方性法规进一步分析。如有其他疑问，欢迎继续向我咨询。