在工程款支付中，通常是先算支付比例，再扣除质保金，但具体还需依据合同约定来确定。以下从不同角度为你详细分析：
合同有明确约定的情况
如果建设工程合同中明确规定了工程款支付时先计算支付比例，再扣除质保金，或者有其他的具体支付顺序和方式，那么双方应当严格按照合同约定执行。例如，合同可能规定在工程竣工验收合格后，发包方按照已完成工程量的80%支付工程款，同时扣除合同总价款5%作为质保金，剩余款项在质保期满后无质量问题时支付。这种情况下，支付顺序和扣除比例都非常明确，双方只需遵循合同条款即可。
合同未明确约定的情况
行业惯例与交易习惯：在建设工程领域，存在一定的行业惯例和交易习惯。虽然这些并非法律强制性规定，但在合同没有明确约定的情况下，可以作为参考。一般来说，行业惯例可能倾向于先按照工程进度或完成情况计算应支付的工程款比例，然后再从中扣除质保金。这是因为质保金是为了确保工程质量，在质保期内对可能出现的质量问题进行维修或赔偿而预留的款项。先确定应支付的工程款比例，再扣除质保金，有助于保障承包方的合法权益，同时也符合工程款支付的逻辑顺序。
法律原则与公平性考量：从法律原则和公平性的角度来看，如果合同没有明确约定支付顺序和扣除方式，双方应当通过协商来解决。在协商过程中，可以考虑工程的实际情况、双方的利益平衡以及行业惯例等因素。如果无法达成一致意见，可能会引发纠纷。在这种情况下，法院或仲裁机构在裁决时，会综合考虑各种因素，包括工程的完成情况、质量状况、双方的过错程度等，以确定一个公平合理的支付顺序和扣除比例。
实际操作建议
仔细审查合同条款：在签订建设工程合同时，双方应当仔细审查合同条款，特别是关于工程款支付和质保金扣除的部分。确保合同条款明确、具体，避免出现模糊不清或容易引起歧义的内容。
及时沟通协商：在工程款支付过程中，如果双方对支付顺序或扣除比例存在疑问或争议，应当及时沟通协商。通过友好协商，可以尽量避免纠纷的发生，维护双方的合作关系。
寻求法律帮助：如果双方无法就工程款支付和质保金扣除问题达成一致意见，或者合同条款存在争议，可以寻求专业的法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况为你提供法律意见和解决方案，帮助你维护合法权益。
在处理工程款支付和质保金扣除问题时，建议你根据合同约定和实际情况来操作。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。