在处理分次扣留质保金的问题时，核心在于理解质保金与支付比例的计算顺序及其对合同双方权益的影响。基于我的法律实务经验，以下是对该问题的详细解答：

核心结论：分次扣留质保金时，通常是先按照合同约定的支付比例进行支付，然后再从应支付的款项中扣留相应的质保金。

分析说明：

1. 支付比例与质保金的定义：

   • 支付比例：合同中约定的，在特定阶段或条件下，买方应支付给卖方的款项占合同总价的比例。
   • 质保金：为确保卖方提供的商品或服务在质保期内符合约定标准，买方暂时扣留的一部分款项，通常作为质保期内的风险保证金。

2. 支付与扣留的顺序：

   • 根据一般的商业惯例和合同条款，买方在支付款项时，会首先按照合同约定的支付比例计算出应支付的金额。
   • 然后，从这个应支付的金额中，买方会扣留出合同约定的质保金比例，将剩余部分支付给卖方。

3. 实例说明：

   • 假设合同总价为100万元，约定支付比例为90%，质保金比例为5%。
   • 在某个支付节点，买方应支付的金额为100万元 * 90% = 90万元。
   • 然后，买方会从这90万元中扣留5%的质保金，即90万元 * 5% = 4.5万元。
   • 最终，买方实际支付给卖方的金额为90万元 - 4.5万元 = 85.5万元。

4. 法律影响：

   • 这种支付与扣留的顺序，既保证了卖方能够按照合同约定的比例及时获得大部分款项，又确保了买方在质保期内有一定的资金保障来应对可能出现的质量问题。
   • 如果合同中有特别约定或双方有特别协商，也可以按照约定的方式执行，但应确保这种约定不违反法律法规的强制性规定。

综上所述，分次扣留质保金时，通常是先按照合同约定的支付比例进行支付，然后再从应支付的款项中扣留相应的质保金。如果您在具体操作中遇到任何问题或疑问，欢迎随时向我咨询。