男方进行亲子鉴定本身并不违法，但具体是否合法需结合鉴定目的、鉴定方式及是否侵犯他人合法权益等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、鉴定目的合法性

1. 自愿鉴定：如果男方出于个人意愿，想要确认自己与孩子之间的亲子关系，且孩子（若已具备民事行为能力）或孩子的法定监护人（如母亲）同意进行亲子鉴定，那么这种鉴定是合法的。它基于双方的自愿，不侵犯任何人的合法权益。

2. 司法鉴定：在涉及法律纠纷，如离婚、抚养权争议、遗产继承等情况下，如果男方需要证明自己与孩子之间的亲子关系，可以向法院申请进行亲子鉴定。这种情况下，鉴定是由司法机关委托的，具有法律效力，也是合法的。

二、鉴定方式合法性

1. 合法机构鉴定：男方应选择具有合法资质的亲子鉴定机构进行鉴定。这些机构通常具备专业的技术人员和先进的鉴定设备，能够确保鉴定结果的准确性和可靠性。同时，合法机构也会严格遵守相关法律法规，保护当事人的隐私和合法权益。

2. 非侵入性鉴定：在进行亲子鉴定时，应尽量选择非侵入性的鉴定方式，如采集血液、口腔拭子等样本。这些方式对当事人的身体伤害较小，且易于接受。避免使用可能侵犯他人身体权益的鉴定方式，如强行采集样本等。

三、侵犯他人合法权益的情况

1. 未经同意鉴定：如果男方未经孩子（若已具备民事行为能力）或孩子的法定监护人（如母亲）的同意，擅自进行亲子鉴定，可能构成侵犯他人隐私权或身体权益的行为。这种情况下，鉴定结果可能不被法律认可，且男方可能面临法律责任。

2. 利用鉴定结果进行非法活动：如果男方利用亲子鉴定结果进行敲诈勒索、诽谤等非法活动，不仅鉴定行为本身可能被视为违法，而且男方还将面临更严重的法律后果。

四、特殊情况下的法律考量

1. 军婚中的特殊规定：如果男方是军人，且涉及军婚的亲子鉴定问题，可能需要考虑军婚的特殊法律规定。例如，在某些情况下，军人的配偶可能享有更多的隐私保护权益。

2. 涉外婚姻中的法律适用：如果男方与外籍人士结婚，且涉及涉外婚姻的亲子鉴定问题，可能需要考虑国际私法的相关规定和适用。不同国家之间的法律差异可能导致鉴定结果的认可度和法律效力存在差异。

建议：如果你或你身边的人面临亲子鉴定的问题，建议首先咨询专业律师，了解相关法律法规和程序要求。在确保鉴定目的合法、鉴定方式合法且不侵犯他人合法权益的前提下，再进行亲子鉴定。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。