非法占用房屋的处理方式需根据具体情形选择合法途径，核心原则是通过法律程序维护房屋所有权人的合法权益。以下是具体处理方式及法律依据：

1. 协商解决（优先推荐）
   若占用者与所有权人存在特殊关系（如亲属、租客拒不搬离），可先通过书面催告要求限期搬离，并保留送达证据（如邮寄回执、录音录像）。此方式成本最低，但需注意保留书面沟通记录作为后续维权证据。

2. 行政投诉（针对特定情形）

   • 若占用者涉嫌违法犯罪（如破坏房屋结构、盗窃财物），可立即向公安机关报案，依据《治安管理处罚法》第40条追究其行政责任。
     
   • 若占用行为涉及违规搭建（如占用公共区域），可向城管部门举报，要求强制拆除并恢复原状。

3. 民事诉讼（核心救济途径）

   • 案由选择：以“返还原物纠纷”或“排除妨害纠纷”为案由提起诉讼，要求占用者停止侵害、返还房屋并赔偿损失。
     
   • 证据准备：需提供房屋产权证明（如房产证）、占用事实证据（如现场照片、水电费缴纳记录）、催告记录等。
     
   • 执行保障：胜诉后可申请法院强制执行，由法院直接清退占用者并查封房屋。

4. 刑事报案（极端情形）
   若占用者采用暴力、威胁手段强行占据房屋，可能涉嫌《刑法》第245条“非法侵入住宅罪”，可向公安机关刑事报案，追究其刑事责任。

特别提醒：

• 避免自行驱赶占用者，可能引发肢体冲突或被反诉“侵权”；
  
• 若房屋存在租赁纠纷，需先通过诉讼确认租赁合同效力后再处理占用问题；
  
• 涉及农村宅基地房屋时，需注意土地性质对案件管辖的影响。

建议根据占用者身份、占用原因、持续时间等因素综合评估后选择处理方式，必要时可携带相关材料与我进一步沟通具体方案。