非法侵占他人无人居住房屋的处理方式主要取决于房屋所有者的选择及侵占行为的性质，具体可分为以下几种情况：

1. 民事途径：要求返还原物并赔偿损失
   根据《民法典》第235条，房屋所有权人有权要求无权占有人（侵占者）返还原物。即使房屋长期无人居住，所有权人的物权仍受法律保护。若侵占者拒不返还，所有权人可向法院提起返还原物之诉，要求其搬离并恢复房屋原状。同时，若侵占行为导致房屋损坏或产生其他损失（如占用期间的物业费、水电费等），所有权人可一并主张赔偿。

2. 行政途径：报警处理
   若侵占行为涉嫌违反《治安管理处罚法》第40条（非法侵入他人住宅），公安机关可对侵占者处以10日以上15日以下拘留，并处500元以上1000元以下罚款；情节较轻的，处5日以上10日以下拘留，并处200元以上500元以下罚款。需注意，“住宅”包括无人居住的房屋，只要所有权未转移，侵占即构成违法。

3. 刑事途径：追究刑事责任（极端情况）
   若侵占行为伴随其他严重情节（如破坏房屋结构、盗窃财物、长期拒不搬离且态度恶劣等），可能触犯《刑法》第245条（非法侵入住宅罪）或第270条（侵占罪）。但需注意：

   • 非法侵入住宅罪：需以“暴力、威胁或其他方法”侵入，或经要求退出仍拒不退出；
     
   • 侵占罪：需以“非法占有为目的”，将他人财物据为己有且数额较大（通常5000元以上），但房屋本身因价值较高，实践中可能直接以其他罪名（如故意毁坏财物罪）追究。

实务建议：

1. 优先协商或发函警告：若侵占者是熟人或情节较轻，可先通过书面通知（如律师函）要求其限期搬离，避免矛盾升级；
   
2. 固定证据：收集房屋产权证明、侵占现场照片/视频、报警记录等，为后续诉讼或行政处理提供依据；
   
3. 及时行动：若侵占者有转移财物或破坏房屋的迹象，应立即报警并申请法院财产保全，防止损失扩大。

总结：非法侵占无人居住房屋的行为，所有权人可通过民事诉讼、行政投诉或刑事报案等途径维护权益，具体选择需结合侵占情节、证据充分性及成本考量。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。