结论：检察院认定是个人围标，并不直接排除公安向公司追缴非法所得的可能性，具体需结合案件事实、公司参与程度及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、法律关系与责任主体
个人围标与公司责任：
- 围标行为若被认定为个人行为，通常意味着该行为未经过公司决策程序或未得到公司授权。然而，若公司实际参与了围标过程（如提供资金、人员、技术等支持），或公司从中获利（如收取管理费、分成等），则公司可能因共同违法或受益而承担相应责任。
- 根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，单位犯罪需满足“以单位名义实施犯罪，违法所得归单位所有”等条件。若公司符合单位犯罪的构成要件，则公安有权向公司追缴非法所得。
非法所得的认定：
- 非法所得通常指通过违法手段获得的财产性利益。在围标案件中，非法所得可能包括中标后获得的工程款、管理费、分成等。
- 若公司收取了少量费用，且该费用与围标行为直接相关，则该费用可能被认定为非法所得，公安有权追缴。
二、公安追缴非法所得的法律依据与程序
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，公安在侦查阶段有权对犯罪嫌疑人的财产进行查封、扣押、冻结，并在案件移送审查起诉或审判后，根据法院判决对非法所得进行追缴。
- 若公司被认定为围标行为的共犯或受益者，公安可依据上述法律规定对公司进行财产追缴。
程序要求：
- 公安在追缴非法所得时，需遵循法定程序，如出具查封、扣押、冻结决定书，告知公司相关权利义务等。
- 公司有权对公安的追缴行为提出异议，并通过法律途径维护自身权益。
三、公司可能面临的法律后果与应对建议
法律后果：
- 若公司被认定为围标行为的共犯或受益者，除可能面临非法所得被追缴外，还可能受到行政处罚（如罚款、吊销营业执照等）或刑事处罚（如罚金、对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚等）。
应对建议：
- 积极配合调查：公司应积极配合公安的调查工作，如实提供相关证据和信息，以争取从轻或减轻处理。
- 寻求法律帮助：公司可聘请专业律师进行法律咨询和辩护，以维护自身合法权益。
- 加强内部管理：公司应加强内部管理，完善决策程序，避免类似违法行为再次发生。
四、特殊情况分析
- 若公司确实未参与围标行为：若公司能够证明自身未参与围标行为，且收取的费用与围标行为无关（如正常的管理费、服务费等），则公司可能无需承担非法所得被追缴的责任。但公司需提供充分证据证明自身清白。
- 若个人行为与公司行为难以区分：在实际情况中，个人行为与公司行为可能难以完全区分。此时，公安和法院将根据案件事实、证据情况及相关法律规定进行综合判断。公司应积极配合调查，提供有利证据，以维护自身权益。
总结：检察院认定是个人围标，并不直接决定公安是否向公司追缴非法所得。具体需结合案件事实、公司参与程度及法律规定综合判断。公司应积极配合调查，寻求法律帮助，并加强内部管理，以应对可能的法律后果。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，请直接向我咨询。