针对违建因经济纠纷被法院查封后的拆除问题，需分情况处理，核心结论如下：
若违建本身存在重大安全隐患或属于法定必须拆除情形
根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证的违建，若无法采取改正措施消除影响，县级以上地方政府可责令限期拆除。此时，即使违建被法院查封，行政机关仍可依法启动拆除程序，但需注意：
- 需通过书面形式向法院说明违建的违法性及拆除必要性（如存在倒塌风险、严重阻碍公共利益等）；
- 法院可能要求行政机关与查封申请人（如债权人）协商，确保拆除不影响其合法权益（如抵押权、优先受偿权等）；
- 拆除后，若查封申请人主张赔偿，需通过另案诉讼解决纠纷。
若违建无重大安全隐患，且经济纠纷未解决
法院查封期间，违建的物权虽因违法性不受保护，但查封效力优先于行政处罚。此时：
- 行政机关不得直接强制拆除，需先通过法院解封或协调查封申请人同意；
- 若经济纠纷涉及违建权属（如施工方主张工程款优先受偿），需通过诉讼确认权属后，再由法院决定是否解封并允许拆除；
- 若查封申请人（如债权人）同意拆除，需与行政机关签订协议，明确拆除后残值归属及债务清偿方案。
特殊情形：违建被查封后，第三人主张权利
若第三人（如实际使用人）提出执行异议，认为查封损害其权益（如租赁权），法院需审查异议是否成立：
- 若异议成立，法院可能中止执行，此时违建暂无法拆除；
- 若异议不成立，行政机关可按程序拆除，但需保留第三人合法财产（如室内物品）。
操作建议：
- 行政机关：拆除前需向法院提交《协助执行通知书》，说明违建违法性及拆除依据，并附规划部门认定文件；
- 查封申请人：若担心违建拆除影响债权实现，可申请法院对违建残值进行保全（如要求拆除后变价优先受偿）；
- 实际使用人：若认为查封或拆除侵犯其权益，可在15日内向法院提出执行异议，或通过另案诉讼主张赔偿。
风险提示：违建拆除涉及行政权与司法权的交叉，若程序违法（如未通知法院直接拆除），可能引发国家赔偿或行政诉讼败诉风险。建议根据具体案情，协调法院、行政机关及利害关系人，制定合法合规的拆除方案。
如有进一步细节（如违建类型、查封原因、纠纷阶段等），可向我补充说明，我会结合具体情形提供更精准的分析。