结论：是否要对总公司和分公司一起进行起诉，需根据分公司的具体情况来判断，并非所有情况下都需要同时起诉两者。
详细分析：
分公司依法取得营业执照或登记证书的情况：
- 在这种情况下，分公司具备独立的民事主体资格，能够作为用人单位与劳动者签订劳动合同，并独立承担民事责任。因此，当劳动争议发生时，劳动者可以直接以分公司为被申请人或被告，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
- 例外情况：尽管分公司可以独立承担责任，但如果其财产不足以承担全部责任，根据《中华人民共和国民法典》第七十四条的规定，总公司需承担补充清偿责任。这意味着，在分公司财产不足以支付赔偿时，劳动者可以追加总公司为共同被告或被申请人，要求其承担剩余责任。
分公司未依法取得营业执照或登记证书的情况：
- 在这种情况下，分公司通常不具备独立的民事主体资格，不能直接作为劳动争议的主体。如果分公司受总公司委托与劳动者签订劳动合同，那么劳动争议实际上涉及的是总公司与劳动者之间的关系。
- 处理方式：在这种情况下，劳动者应直接以总公司为被申请人或被告，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。如果分公司有独立财产且实际进行了劳动用工管理，根据司法实践，也可能被列为共同当事人参与劳动争议处理，但这不是常规做法。
法律建议：
- 在决定是否起诉总公司或分公司时，劳动者应首先了解分公司的法律地位和是否具备独立承担民事责任的能力。
- 如果分公司具备独立承担民事责任的能力，且其财产足以支付赔偿，那么劳动者可以仅起诉分公司。
- 如果分公司财产不足以支付赔偿，或者劳动者不确定分公司的法律地位，那么为了保障自己的合法权益，劳动者可以考虑同时起诉总公司和分公司。
- 在实际操作中，劳动者可以咨询专业律师（如我，潘雨阳律师，专注于交通事故、劳动纠纷、民间借贷领域），以获取更具体的法律建议和指导。
可能法律后果：
- 如果仅起诉分公司且其财产不足以支付赔偿，劳动者可能需要通过追加被告或另行起诉总公司的方式来维护自己的权益，这可能会增加诉讼成本和时间。
- 如果同时起诉总公司和分公司，虽然可以确保赔偿的到位，但也可能增加诉讼的复杂性和成本。因此，在决定是否同时起诉两者时，劳动者应权衡利弊并谨慎考虑。