针对您提出的“土地确权后有争议怎么办”的问题，这是一个涉及土地权属和法律程序的重要事项，我会为您详细解答。
一、明确争议类型与原因
首先，您需要明确争议的具体类型和原因。土地确权争议可能涉及权属不清、面积不符、四至界限不明等问题。例如，可能是不同主体对同一块土地的归属主张权利，或者确权登记的面积与实际测量或历史记录不一致，又或者是相邻地块边界划分不明确引发矛盾。明确争议焦点是解决问题的第一步。
二、协商解决（首选途径）
在明确争议后，我建议您首先尝试通过友好协商来解决问题。您可以基于事实依据，如土地承包合同、历史使用证明等，与争议对方进行沟通，努力寻求一个双方都能接受的解决方案。如果可能的话，可以邀请村委会或乡镇调解员参与见证，以确保协商的公正性和有效性。如果协商成功，务必形成书面协议并签字确认，作为后续履行的法律依据。
三、申请行政调解或裁决
如果协商无果，您可以向乡镇政府或县级农业部门申请调解。提交书面申请书时，请附上相关证据材料，如土地证、承包合同复印件等。行政机关将组织调查核实，并提出调解方案。如果调解仍未果，您可以在收到处理决定之日起60日内向上级政府申请复议，或直接请求县级以上政府作出行政裁决。但请注意，复议/裁决期间不影响原确权决定的执行，且您需要提供充分证据证明自身权益受损。
四、司法途径解决
如果行政调解或裁决仍未能解决问题，您可以考虑通过司法途径来解决争议。
民事诉讼：针对权属争议或侵权纠纷，您可以向土地所在地基层法院提起诉讼。请准备以下材料：确权证书及争议地块位置图、证明己方权益的原始文件（如分地台账）、证人证言或其他辅助证据。
行政诉讼：如果您认为行政机关的确权行为违法，可以在知道行政行为之日起6个月内提起行政诉讼，要求撤销或变更原决定。
五、注意事项
在处理土地确权争议时，有几点注意事项需要您特别关注：
及时行动：根据《土地管理法》规定，土地权属争议需在知道或应当知道权益受损之日起两年内提出。因此，请务必及时采取行动，以免错过维权时机。
保留证据：妥善保存土地使用历史记录、缴费凭证、现场照片等证据。必要时，您可以委托专业机构进行测绘鉴定，以提供更有力的证据支持。
遵守程序：在处理争议过程中，请优先选择协商调解等非诉方式，以降低成本并维护良好关系。如果进入法律程序，请严格遵循举证期限和诉讼时效，以确保您的权益得到有效维护。
六、典型案例参考
为了更好地帮助您理解处理土地确权争议的过程，我为您提供两个典型案例作为参考：
案例1：某村两户因宅基地边界争执，经村委会调解无果后，申请县自然资源局重新核查档案。最终，依据1985年分地底册划定了界线，和平解决了争议。
案例2：在承包地面积争议中，当事人通过司法鉴定机构测量发现误差源于测量方法差异。最终，按实际耕种面积重新确权，维护了双方的合法权益。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您在处理土地确权争议过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或相关机构。