关于建设单位采用虚假证明文件办理工程竣工验收备案的追溯期问题，这主要涉及到行政处罚的时效性以及可能的刑事责任追究期限，以下从这两个方面进行详细分析：
行政处罚的时效性：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。” 这意味着，对于建设单位采用虚假证明文件办理工程竣工验收备案的违法行为，如果行政机关在二年内（或涉及特定情况下的五年内）未发现，则一般不再给予行政处罚。
- 关键点：这里的“发现”指的是行政机关知道或者应当知道违法行为发生的时间点，而非违法行为实际发生的时间点。因此，如果行政机关在追溯期内发现了该违法行为，即使违法行为发生在追溯期之前，也可以依法进行处罚。
刑事责任追究期限：
- 如果建设单位采用虚假证明文件办理工程竣工验收备案的行为构成犯罪（如伪造国家机关公文、证件罪等），则可能面临刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条：“犯罪经过下列期限不再追诉：（一）法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；（二）法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；（三）法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；（四）法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。”
- 关键点：刑事责任追究期限的计算是从犯罪之日起计算；犯罪行为有连续或者继续状态的，从犯罪行为终了之日起计算。在追诉期限以内又犯罪的，前罪追诉的期限从犯后罪之日起计算。因此，对于构成犯罪的建设单位，其刑事责任追究期限可能远长于行政处罚的时效性。
法律建议：
- 对于建设单位而言，应严格遵守相关法律法规，确保工程竣工验收备案的真实性和合法性，避免采用虚假证明文件等违法行为。
- 如果建设单位已经采用了虚假证明文件办理了工程竣工验收备案，应尽快主动向行政机关报告并纠正违法行为，以减轻或避免可能的法律责任。
- 如果建设单位面临行政处罚或刑事责任追究，应及时咨询专业律师，了解自身权利和义务，并积极配合调查和处理工作。
可能后果：
- 如果建设单位在追溯期内被发现采用虚假证明文件办理工程竣工验收备案，可能面临行政处罚（如罚款、责令改正等）或刑事责任追究（如有期徒刑、罚金等）。
- 如果建设单位在追溯期外被发现，但违法行为构成犯罪且仍在刑事责任追究期限内，仍可能面临刑事责任追究。
总结：建设单位采用虚假证明文件办理工程竣工验收备案的追溯期问题，主要涉及到行政处罚的时效性和刑事责任追究期限。建设单位应严格遵守相关法律法规，避免违法行为的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。