结论：在交通事故中，即使您承担次要责任且已与对方民事协商解决，是否会被拘留仍需根据具体情况判断，主要取决于您无牌无证驾驶的行为是否触犯了行政处罚或刑事处罚的相关规定。
分析：
无牌无证驾驶的行政处罚：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，无牌无证驾驶是违法行为，通常会面临罚款、扣留车辆、甚至行政拘留等处罚。行政拘留的期限一般为五日以上十日以下，具体天数由公安机关根据违法情节决定。
- 如果您在事故发生时确实存在无牌无证驾驶的情况，且该行为被公安机关认定，那么即使您已经与对方就民事赔偿部分协商解决，仍有可能因无牌无证驾驶的行为而面临行政拘留的处罚。
交通事故责任与行政处罚的独立性：
- 交通事故责任认定主要关注的是事故发生时各方的过错程度，以及这种过错程度与事故后果之间的因果关系。而行政处罚则是针对违法行为本身的制裁，两者在法律上是独立的。
- 因此，即使您在事故中承担次要责任，且已经与对方就民事赔偿部分达成协议，这并不影响公安机关对您无牌无证驾驶行为的行政处罚。
刑事处罚的可能性：
- 在某些情况下，无牌无证驾驶可能构成更严重的违法行为，如危险驾驶罪等，从而面临刑事处罚。但这种情况通常要求违法行为达到一定的严重程度，如造成严重后果或具有其他恶劣情节。
- 如果您的情况不构成刑事犯罪，那么主要面临的是行政处罚，包括可能的行政拘留。
建议：
- 积极配合公安机关调查：在事故发生后，应积极配合公安机关的调查工作，如实陈述事故经过和自身情况。
- 了解并接受处罚：如果公安机关认定您存在无牌无证驾驶的行为，并决定给予行政处罚，您应了解处罚内容并接受处罚。如有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 咨询专业律师：如果您对处罚决定有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我可以根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。
总结：交通事故中承担次要责任且已民事协商解决，并不免除您因无牌无证驾驶行为可能面临的行政处罚，包括可能的行政拘留。因此，建议您积极配合公安机关的调查工作，并了解并接受可能的处罚决定。如有需要，可以随时向我咨询相关法律问题。