结论：员工同时仲裁总公司和分公司时，案件的处理主要取决于总公司和分公司的法律关系、劳动合同签订主体以及仲裁请求的具体内容。以下从不同角度进行分析：

1. 总公司和分公司的法律关系

   • 独立法人资格：如果分公司具有独立的法人资格，那么它通常可以独立承担民事责任。在这种情况下，员工同时仲裁总公司和分公司，仲裁机构可能会根据案件的具体情况，分别审查总公司与分公司各自的责任，并作出相应的裁决。但实践中，分公司往往不具有独立法人资格，而是作为总公司的分支机构存在。
   • 非独立法人资格：若分公司不具有独立法人资格，其民事责任通常由总公司承担。此时，员工同时仲裁总公司和分公司，仲裁机构可能会将分公司视为总公司的一部分，合并审查案件，并裁决总公司承担相应的责任。不过，即便分公司不具有独立法人资格，员工仍有权将总公司和分公司同时列为被申请人，因为分公司作为总公司的分支机构，在业务活动中可能直接涉及员工的权益。

2. 劳动合同签订主体

   • 与总公司签订：如果员工是与总公司签订的劳动合同，但实际工作地在分公司，且分公司存在违法行为或侵害员工权益的行为，员工在仲裁时可以将总公司和分公司同时列为被申请人。因为总公司作为劳动合同的一方，对分公司的行为可能负有管理责任。
   • 与分公司签订：如果员工是与分公司签订的劳动合同，且分公司具有签订劳动合同的资格（如获得总公司的授权），那么员工在仲裁时主要应针对分公司。但如果分公司不具有独立法人资格，且其行为受总公司控制或指示，员工也可以将总公司列为共同被申请人。

3. 仲裁请求的具体内容

   • 请求内容涉及总公司：如果员工的仲裁请求中涉及总公司的责任（如要求总公司承担连带责任、支付工资或经济补偿等），那么仲裁机构在审查案件时，必然会考虑总公司的地位和作用，并可能裁决总公司承担相应的责任。
   • 请求内容仅涉及分公司：如果员工的仲裁请求仅针对分公司的行为（如要求分公司支付未签劳动合同的双倍工资、违法解除劳动合同的赔偿金等），且分公司具有独立承担民事责任的能力（尽管实践中较少见），那么仲裁机构可能主要审查分公司的行为，并裁决分公司承担责任。但如前所述，若分公司不具有独立法人资格，其责任最终可能由总公司承担。

法律建议：

• 在提起仲裁前，员工应仔细审查劳动合同、工作记录、工资支付凭证等证据材料，明确劳动合同签订主体、实际工作地以及侵权行为的具体实施者。
• 根据证据材料和案件具体情况，合理确定仲裁请求和被申请人。如果分公司不具有独立法人资格或其行为受总公司控制，建议将总公司和分公司同时列为被申请人。
• 在仲裁过程中，积极配合仲裁机构的工作，提供充分的证据材料支持自己的主张。如果需要法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。