在破产清算案中，如果管理人对申报的债权存在争议，这是一个需要细致且依法处理的问题。以下是我为您详细梳理的解决步骤和法律依据：
一、明确争议债权的具体情况
首先，需要明确争议债权的具体分类，根据《中华人民共和国企业破产法》第八十二条，债权通常分为对债务人的特定财产享有担保权的债权、职工债权、税款债权和普通债权。明确争议债权的类别，有助于后续程序的顺利进行。
二、向管理人提出书面异议
- 提出异议：债权人或债务人如果对管理人编制的债权表记载的债权有异议，应在收到债权表之日起15日内，以书面形式向管理人提出异议。
- 说明理由和证据：在异议书中，应详细说明异议的理由，并提供相关证据支持其主张，如合同、发票、判决书等。
三、管理人审查与回应
- 初步审查：管理人收到异议后，会对申报的债权进行再次审查，核实其真实性、合法性和数额的准确性。
- 沟通与说明：对于存在争议的债权，管理人应及时与债权人沟通，要求其补充证据或详细说明情况，并进行登记，注明争议的具体情况。
- 更正或维持：如果管理人认为异议成立，会对债权表进行更正；如果认为异议不成立，会维持原债权表记载，并说明理由。
四、向人民法院提起诉讼
- 起诉条件：若管理人不予更正异议债权，或对更正后的债权仍有异议，异议人可在异议期满之日起15日内，以对方当事人为被告，向受理破产申请的人民法院提起债权确认诉讼。
- 诉讼请求：请求人民法院对争议债权作出确认或否定的判决。
- 注意事项：
- 诉讼时效：务必在规定的期限内提起诉讼，逾期可能丧失胜诉权。
- 管辖法院：案件应由受理破产申请的人民法院管辖，但依法应当由上级人民法院管辖的除外。
- 诉讼费用：需按照财产案件的收费标准交纳诉讼费，但债权异议诉讼属于确认之诉，不涉及给付内容，实践中可能减半收取。
五、遵循法定程序与原则
- 程序要求：严格遵循法律规定的期限和程序，确保异议和诉讼的合法性和有效性。管理人在审查债权时，应全面调查核实，包括审查申报材料的真实性、合法性，核查债权发生的相关合同、协议等文件，以及通过函证等方式向债务人核实债权情况。
- 基本原则：
- 公平原则：确保所有债权人的合法权益得到平等保护。
- 公正原则：依据事实和法律，客观、公正地处理债权争议。
- 公开原则：保障债权确认过程的透明度，接受各方监督。
六、其他辅助措施
- 协商解决：在提起诉讼前，可尝试与管理人或对方当事人协商，寻求和解方案，降低解决成本和时间。
- 法律咨询：如遇复杂法律问题，建议咨询专业律师，获取针对性的法律意见和解决方案。
综上所述，处理破产清算案中管理人对申报债权有争议的问题，需要遵循一系列法定程序，从提出异议、管理人审查、向人民法院提起诉讼，到遵循法定程序与原则，以及采取其他辅助措施，每一步都至关重要，以确保债权得到公平、公正和高效的处理。