针对您提出的“合同明确预付金5万元，然后买方违约怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确一点，您提到的“预付金”在法律上通常被理解为“定金”。接下来，我们根据定金的相关法律规定来进行分析。
一、定金合同的效力
根据《民法典》的相关规定，定金合同属于实践性合同，这意味着它自实际交付定金时才成立并生效。因此，尽管合同中可能明确约定了预付金（定金）为5万元，但如果实际支付的金额与合同约定不符，那么定金合同的生效金额将仅以实际支付的金额为准。
二、买方违约时的处理
如果实际支付了定金：
- 假设买方实际支付了部分或全部5万元定金（尽管您只提到了合同约定，但为全面解答，我们考虑此情况），然后违约，那么根据定金罚则，买方将无权请求返还已支付的定金。也就是说，如果买方支付了5万元定金并违约，这5万元定金将被卖方没收。
- 但若实际支付金额少于5万元，比如只支付了1万元（如参考信息中的情况），则买方违约时，这1万元定金同样将被卖方没收。
如果未实际支付定金：
- 如果合同虽然约定了5万元定金，但买方并未实际支付，那么定金合同并未生效。此时，买方违约虽然不涉及定金罚则，但可能需要根据合同的其他条款（如违约金条款）或法律规定来承担违约责任。
三、违约金条款与定金条款的选择
- 如果合同中同时约定了定金条款和违约金条款，当买方违约时，卖方通常只能选择其中之一来主张权利，而不能同时主张两者。这是因为定金和违约金都具有对违约行为的惩罚性，同时适用可能会导致对买方的过度惩罚。
四、损失赔偿的补充
- 无论选择适用定金罚则还是违约金条款，如果这些金额不足以弥补卖方因买方违约所遭受的损失，卖方还有权根据《民法典》的相关规定，请求买方赔偿超过定金或违约金数额的损失。
五、建议与操作
- 在实际操作中，建议双方首先通过友好协商来解决争议。如果协商不成，可以考虑寻求法律途径，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。
- 在处理此类纠纷时，咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助是非常重要的。律师可以根据合同的具体内容、双方的交易情况以及相关法律法规，为您提供更精准、更全面的法律指导。
综上所述，当合同明确约定预付金（定金）为5万元，但买方违约时，处理方式将取决于实际支付的定金金额以及合同中的其他条款。如果买方已支付定金并违约，定金将被卖方没收；如果未支付定金，则可能需要根据合同的其他条款或法律规定来承担违约责任。同时，卖方还有权请求赔偿超过定金或违约金数额的损失。