针对新员工旷工一天的处理问题，这确实是一个需要细致且合法合规来对待的情况。首先，我们要明确的是，旷工是违反劳动纪律的行为，但处理方式必须遵循相关法律法规。
关于旷工一天扣三天工资的问题：
根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠。如果员工旷工，用人单位确实有权拒绝支付当天的工资，因为这是员工未提供劳动应得的报酬。但是，用人单位不能进行额外的惩罚性罚款，比如“旷工一天扣三天工资”这样的做法是不合法的。超出旷工当天应扣除的工资部分，属于对劳动者工资的任意扣减，这违反了法律规定。
新员工旷工一天的处理建议：
沟通与教育：首先，建议与新员工进行沟通，了解其旷工的具体原因。如果是由于特殊情况或误解导致的，可以通过教育引导其认识到旷工的严重性，并鼓励其今后遵守公司规章制度。
按照公司规章制度处理：如果公司规章制度中明确规定了旷工的处理方式，且该方式不违反法律法规，那么可以按照规章制度执行。但需要注意的是，规章制度必须合法合规，且已经向员工明确告知。
不支付当天工资：根据法律规定，用人单位可以不支付旷工当天的工资。这是对新员工旷工行为的直接经济后果。
避免过度惩罚：切勿采取过度惩罚的措施，如额外扣减工资、辞退等（除非旷工行为严重违反了公司规章制度且达到了辞退的标准）。过度惩罚不仅可能违反法律法规，还可能影响公司的团队氛围和员工士气。
记录与跟进：对新员工的旷工行为进行记录，并跟进其后续表现。如果新员工能够认识到错误并改正，那么可以给予一定的宽容和机会；如果新员工继续旷工或违反公司规章制度，那么需要按照更严格的措施进行处理。
关于辞退与离职证明：
如果新员工的旷工行为严重违反了公司规章制度，且达到了辞退的标准，那么用人单位可以单方面解除劳动合同。但需要注意的是，辞退员工时应当给予合理的解释和补偿（如果符合法定补偿条件的话）。同时，无论员工是因为何种原因离职，用人单位都应当出具离职证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
综上所述，新员工旷工一天的处理应当遵循法律法规和公司规章制度，既要体现对旷工行为的严肃处理，又要保障员工的合法权益。