工资总额通常包含协议工资，但具体是否包含需依据协议内容及实际情况判断。以下是对这一问题的详细分析：

一、工资总额的定义与构成

根据《关于工资总额组成的规定》等相关法律法规，工资总额是指企业在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额，它通常包括以下几个部分：

1. 计时工资：根据职工的工作时间计算的工资。
2. 计件工资：根据职工完成的合格产品数量或工作量计算的工资。
3. 奖金：包括生产奖、节约奖、劳动竞赛奖等。
4. 津贴和补贴：如补偿职工特殊或额外劳动消耗的津贴，以及保证职工工资水平不受物价影响支付的物价补贴等。
5. 加班加点工资：职工在法定工作时间外加班加点所获得的工资。
6. 特殊情况下支付的工资：如病假、产假、探亲假等期间支付的工资。

二、协议工资的性质与归属

协议工资，顾名思义，是职工与企业通过协商一致确定的工资标准。这种工资标准可能高于或低于企业的一般工资水平，但它是双方自愿达成的协议，具有法律效力。从工资总额的定义来看，协议工资作为职工劳动报酬的一部分，理论上应当纳入工资总额的计算范围。

三、具体判断依据

然而，是否将协议工资纳入工资总额，还需考虑以下因素：

1. 协议内容：如果协议中明确约定了协议工资是工资总额的一部分，或者协议工资的性质符合工资总额的定义（如作为对职工劳动的直接报酬），则应当纳入工资总额。
2. 实际情况：在实际操作中，有些企业可能将协议工资作为额外的奖励或补贴，而不将其纳入工资总额。这种情况下，需要具体分析协议工资的性质和目的，以及企业是否按照相关法律法规进行了合理的税务处理和社保缴纳。
3. 法律法规：虽然相关法律法规并未明确规定协议工资必须纳入工资总额，但企业在制定工资政策时，应当遵循公平、合理、合法的原则，确保职工的合法权益得到保障。

四、建议与注意事项

1. 明确协议内容：在签订劳动合同时，职工和企业应当明确协议工资的性质、金额以及是否纳入工资总额等关键条款，以避免后续纠纷。
2. 遵守法律法规：企业在制定工资政策时，应当严格遵守相关法律法规的规定，确保工资总额的构成合法合规。
3. 咨询专业意见：如果职工或企业对协议工资是否纳入工资总额存在疑问，建议咨询专业律师或劳动保障部门，以获取准确的法律意见和指导。

如有任何关于工资福利或工伤赔偿方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。