结论：应聘时未被告知干满不到三个月扣工资，而在签合同时才知道这一条款，该条款不一定合法，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同条款的合法性角度
劳动合同条款需合法有效：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同中的条款应当合法、公平、平等自愿、协商一致，并且不得违反法律、行政法规的强制性规定。
- 如果“干满不到三个月扣工资”的条款违反了法律、行政法规的强制性规定，或者显失公平，那么该条款是无效的。
具体条款分析：
- 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意克扣。除非劳动者存在严重违反用人单位规章制度、给用人单位造成重大损失等法定情形，否则用人单位无权扣减工资。
- “干满不到三个月扣工资”的条款，如果缺乏合理的依据，且未在应聘时明确告知劳动者，很可能被视为对劳动者权益的不当限制，从而构成无效条款。
二、从用人单位告知义务的角度
用人单位有告知义务：
- 用人单位在招聘过程中，应当如实告知劳动者工作内容、工作条件、工作地点、职业危害、安全生产状况、劳动报酬等关键信息。
- 如果用人单位在应聘时未告知“干满不到三个月扣工资”的条款，而在签合同时才提出，这可能违反了用人单位的告知义务。
劳动者权益保护：
- 劳动者在签订劳动合同时，有权了解并同意合同中的所有条款。如果用人单位未在应聘时告知关键条款，劳动者有权拒绝签订或要求修改合同。
- 如果劳动者在不知情的情况下签订了含有不合理条款的劳动合同，可以依法主张该条款无效或要求用人单位承担相应的法律责任。
三、从实际操作和法律后果的角度
实际操作建议：
- 如果你在应聘时未被告知“干满不到三个月扣工资”的条款，而在签合同时才发现，你有权要求用人单位解释该条款的合理性和合法性。
- 如果用人单位无法提供合理的解释或法律依据，你可以拒绝签订该合同或要求删除该条款。
法律后果：
- 如果用人单位坚持要求你签订含有该条款的劳动合同，并且你最终签订了，但后续因未干满三个月而被扣工资，你可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求用人单位支付被扣的工资并承担相应的法律责任。
建议：在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于工资、福利、工作时间、休息休假等关键内容。如果发现合同中有不合理或违法的条款，应及时与用人单位沟通并要求修改。如果用人单位拒绝修改或无法提供合理的解释，你可以考虑拒绝签订该合同或寻求法律帮助。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。