结论：水果包装盒印制内容不合法，即使未进入流通市场，也可能面临处罚，具体取决于违法行为的性质、情节以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、从行政处罚的角度分析
违法行为构成：
- 水果包装盒印制内容不合法，可能涉及虚假宣传、侵犯知识产权（如商标权、著作权）、违反食品安全标准（如使用禁用物质、虚假标注生产日期等）等多种违法行为。
- 这些行为一旦构成，即违反了相关法律法规的规定，无论是否进入流通市场，都可能受到行政处罚。
行政处罚的依据：
- 根据《中华人民共和国广告法》、《中华人民共和国商标法》、《中华人民共和国著作权法》、《中华人民共和国食品安全法》等相关法律法规，对于违法行为，行政机关有权依法进行处罚，包括警告、罚款、没收违法所得、责令停产停业等。
未进入流通市场的影响：
- 虽然未进入流通市场可能减轻违法行为的危害后果，但并不意味着可以免除行政处罚。行政机关在处罚时，会综合考虑违法行为的性质、情节、社会危害程度以及违法者的主观过错等因素。
- 如果违法行为情节轻微，且未造成实际危害后果，行政机关可能依法从轻或减轻处罚，但并非绝对免除处罚。
二、从民事责任的角度分析
民事责任构成：
- 如果水果包装盒印制内容不合法，且因此给消费者或其他权利人造成损害的，可能构成民事侵权，需要承担民事责任。
- 民事责任包括赔偿损失、停止侵害、消除影响等。
未进入流通市场的影响：
- 即使未进入流通市场，如果违法行为已经对他人造成损害（如通过预售、宣传等方式），仍然需要承担民事责任。
- 民事责任的承担与是否进入流通市场无直接关系，而是取决于是否构成侵权以及侵权行为的后果。
三、建议与风险提示
立即整改：
- 如果发现水果包装盒印制内容不合法，应立即停止使用并整改，避免违法行为继续存在和扩大危害后果。
主动报告：
- 在某些情况下，主动向相关行政机关报告违法行为并配合调查，可能有助于减轻或免除行政处罚。
咨询专业律师：
- 鉴于法律问题的复杂性和专业性，建议咨询专业律师以获取更具体、更准确的法律意见和帮助。如果你有任何关于公司法务或合同纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。
风险提示：
- 不要忽视未进入流通市场的违法行为，因为一旦被发现并查实，仍然可能面临行政处罚和民事责任的风险。
- 在进行商业活动时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保所有宣传材料、包装等内容的合法性和合规性。