结论：往自然保护区内承包水库投放光合细菌和EM菌是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断，包括投放行为是否获得许可、是否符合保护区管理规定、是否对生态环境造成影响等。以下从不同角度进行分析：
一、从行政许可角度分析
若投放行为获得相关行政许可：
- 根据《中华人民共和国自然保护区条例》等相关法律法规，自然保护区内的活动通常需要获得相关行政主管部门的许可。如果投放光合细菌和EM菌的行为已经获得了自然保护区管理机构或相关环保部门的批准，并且按照许可的条件和范围进行投放，那么该行为通常是合法的。
若投放行为未获得相关行政许可：
- 如果未经许可擅自投放，则可能违反了自然保护区的管理规定，属于违法行为。自然保护区是为了保护生物多样性、自然遗迹等而设立的特殊区域，未经许可的活动可能会对保护区内的生态环境造成破坏。
二、从生态环境影响角度分析
若投放行为对生态环境无负面影响或有益：
- 光合细菌和EM菌在某些情况下可能对水质改善、生态平衡维护有积极作用。如果经过科学评估，确认投放行为不会对自然保护区内的生态环境造成负面影响，甚至有益于生态保护，那么该行为在获得许可的情况下是合法的。
若投放行为对生态环境造成负面影响：
- 如果投放行为导致水质恶化、生物多样性受损等负面影响，即使获得了行政许可，也可能因违反环境保护的相关法律法规而面临法律责任。自然保护区内的生态环境是受到严格保护的，任何可能对其造成破坏的行为都可能受到法律的制裁。
三、从合同角度分析（如涉及承包合同）
若承包合同中明确允许投放：
- 如果承包合同中明确规定了承包方可以在水库中投放光合细菌和EM菌，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么承包方按照合同约定进行投放是合法的。
若承包合同中未明确允许或禁止投放：
- 在这种情况下，承包方需要谨慎行事。最好先咨询自然保护区管理机构或相关环保部门，了解投放行为是否可行以及需要办理哪些手续。未经许可擅自投放可能面临合同违约和行政违法的双重风险。
法律建议
在投放前咨询相关部门：在决定往自然保护区内承包水库投放光合细菌和EM菌之前，建议先咨询自然保护区管理机构或相关环保部门，了解投放行为是否获得许可以及需要满足哪些条件。
进行科学评估：如果可能的话，进行科学评估以确定投放行为对生态环境的影响。这有助于降低法律风险并确保投放行为的合法性。
遵守合同约定：如果涉及承包合同，务必仔细阅读合同条款并遵守其中的规定。如有疑问或需要变更合同条款，应及时与发包方协商并签订补充协议。
关注法律法规变化：自然保护区的管理规定和环境保护的法律法规可能会随着时间和政策的变化而调整。因此，建议定期关注相关法律法规的变化以确保投放行为的合法性。
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