结论：两车鉴定基点不在同一高度，但存在物质交换的情况，可以判定为发生了碰撞。不过，具体判定还需结合其他证据和现场情况综合分析。

一、物质交换作为碰撞的直接证据

在交通事故中，物质交换是判定两车是否发生碰撞的重要依据之一。当两车发生碰撞时，由于力的作用，车辆表面的油漆、塑料碎片、金属碎屑等物质可能会相互交换，附着在对方车辆上。这种物质交换是碰撞过程中物理作用的结果，具有直接性和客观性，因此可以作为判定碰撞的有力证据。

二、鉴定基点不在同一高度的影响

鉴定基点不在同一高度，可能意味着两车在碰撞时的接触点并不在同一水平面上。这种情况在实际交通事故中并不罕见，例如一辆车可能从侧面撞击另一辆车的上部或下部。鉴定基点的高度差异并不影响物质交换作为碰撞证据的有效性。只要能够证明两车之间存在物质交换，就可以认定它们之间发生了碰撞。

三、综合判定碰撞的考虑因素

除了物质交换外，判定两车是否发生碰撞还需要考虑其他因素，如：

1. 现场痕迹：包括刹车痕迹、轮胎印、散落物等，这些痕迹可以反映车辆的运动轨迹和碰撞时的状态。
2. 证人证言：如果有目击者，他们的证言可以提供关于碰撞过程的直接信息。
3. 监控录像：如果事故现场有监控录像，可以直观地展示碰撞发生的过程。
4. 车辆损伤情况：两车的损伤部位、损伤程度等也可以作为判定碰撞的依据。

四、法律建议

1. 及时报警：在发生交通事故后，应立即报警并保护现场，以便交警部门进行调查和取证。
2. 收集证据：尽可能收集与事故相关的证据，如现场照片、视频、证人证言等，这些证据在后续的事故责任认定和赔偿协商中可能起到关键作用。
3. 咨询专业律师：如果事故责任认定存在争议或赔偿问题无法协商解决，建议咨询专业律师以获取法律帮助。

五、可能的法律后果

如果两车确实发生了碰撞，且事故责任在某一方，那么该方可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿对方车辆的损失、人员伤亡的医疗费用等。如果事故构成交通肇事罪，还可能面临刑事处罚。

综上所述，两车鉴定基点不在同一高度但存在物质交换的情况下，可以判定为发生了碰撞。不过，具体判定还需结合其他证据和现场情况综合分析。如果您在交通事故中遇到类似问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。