结论概述：房贷逾期一年后还上，扣除的开发商保证金是否会退还给开发商，这主要取决于购房合同中的具体约定以及银行与开发商之间的协议内容。以下从不同角度进行详细分析。

1. 购房合同中的约定

• 保证金条款：首先，需要查看购房合同中是否有关于保证金的明确条款。这些条款通常会规定保证金的性质、用途、扣除条件以及退还条件等。如果合同中明确规定了，在购房者逾期还款后，保证金将被扣除且不予退还，那么开发商在扣除保证金后，可能就没有义务再将其退还给开发商（此处指原保证金缴纳方，实际场景中多为开发商为购房者担保而缴纳，故表述上理解为开发商承担了保证金被扣的风险）。但这种情况较为特殊，因为通常保证金是开发商为购房者向银行提供担保而缴纳的，其目的在于保障银行贷款的安全。
• 违约责任：合同中还可能规定了购房者逾期还款的违约责任。如果违约责任中包括了保证金的处理方式，那么应按照合同约定执行。

2. 银行与开发商之间的协议

• 担保协议：开发商为购房者提供担保时，通常会与银行签订担保协议。这份协议中会详细规定担保的范围、期限、方式以及保证金的处理等。如果协议中明确规定了，在购房者逾期还款后，银行有权扣除保证金，并且没有规定退还条件，那么开发商在保证金被扣除后，可能无法要求银行退还。
• 协商退还：然而，如果银行与开发商之间的协议中，或者在实际操作中，存在协商退还保证金的机制，那么在购房者还清逾期贷款后，开发商有可能与银行协商退还部分或全部保证金。这通常取决于银行的政策、开发商的谈判能力以及双方的合作历史等因素。

3. 实际操作中的考虑因素

• 银行政策：不同银行对于保证金的扣除和退还政策可能有所不同。有些银行可能更加严格，一旦扣除保证金就不予退还；而有些银行则可能更加灵活，愿意在购房者还清贷款后与开发商协商退还保证金。
• 开发商态度：开发商的态度也是影响保证金退还的重要因素。如果开发商认为购房者已经履行了还款义务，且愿意与银行协商退还保证金，那么退还的可能性就会增加。
• 法律途径：如果双方无法就保证金的退还达成一致，开发商或购房者（如果保证金实际由购房者承担）还可以考虑通过法律途径解决争议。这通常涉及对购房合同、担保协议等法律文件的解读和适用。

建议与总结：

• 查看合同：首先，建议查看购房合同和担保协议中的相关条款，了解保证金的性质、用途以及退还条件等。
• 与银行协商：如果合同中没有明确规定或者规定不明确，建议与银行进行协商，了解银行对于保证金退还的政策和态度。
• 考虑法律途径：如果双方无法就保证金的退还达成一致，可以考虑通过法律途径解决争议。在此过程中，建议咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到保障。

总之，房贷逾期一年后还上，扣除的开发商保证金是否会退还给开发商，并没有一个固定的答案。它取决于购房合同中的约定、银行与开发商之间的协议以及实际操作中的多种因素。因此，在处理此类问题时，建议综合考虑各种因素，并咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。