在处罚告知和责令退款同时下达的情况下，办案期限的计算需根据具体程序类型及行政机关的操作方式综合判断，核心原则是确保程序合法且不损害当事人权利。具体分析如下：

1. 若处罚告知与责令退款属同一行政程序的不同环节

• 办案期限合并计算：若责令退款是行政处罚的组成部分（如《价格违法行为行政处罚规定》中要求退还多收价款作为处罚前置条件），则办案期限应从立案之日起计算，至作出最终处罚决定之日止。责令退款通知的送达时间不影响总期限，但需在处罚决定中明确退款要求及期限。
• 法律依据：根据《行政处罚法》第六十条，行政机关应当自立案之日起90日内作出行政处罚决定（经批准可延长）。若责令退款属于处罚前的告知或听证程序，期限仍按此规定执行。

2. 若处罚告知与责令退款属独立程序但并行处理

• 期限分别计算：若责令退款基于单独的行政命令（如《消费者权益保护法》中要求经营者退还违法所得），而处罚告知是另一行政处罚程序，则两程序期限独立计算。
  • 责令退款期限：通常由行政机关在通知中明确（如15日内退款），逾期未履行可启动强制执行程序。
  • 处罚告知期限：需遵守《行政处罚法》关于告知、听证、决定的时间限制（如告知后3日内听取陈述申辩，7日内作出决定）。
• 关键点：若两程序存在关联（如退款情况影响处罚幅度），行政机关需在期限内完成信息整合，避免程序冲突。

3. 实务中的操作建议

• 行政机关角度：
  1. 明确程序关系：在同时下达两文书时，需在文件中说明是否属同一程序或独立程序，避免当事人混淆。
  2. 期限标注清晰：责令退款需单独注明履行期限（如“自收到本通知之日起15日内退还”），处罚告知需注明陈述申辩期限（如“3日内提出”）。
  3. 避免期限重叠：若责令退款期限包含在处罚决定作出前，需确保总期限不超法定上限（如90日）。
• 当事人角度：
  1. 核对期限合法性：若认为行政机关超期处理，可依据《行政复议法》或《行政诉讼法》提出异议。
  2. 及时行使权利：在责令退款期限内履行可减少处罚风险；对处罚告知有异议的，需在法定期限内提出陈述申辩或听证申请。

总结：办案期限的计算需以程序性质为核心，若两措施属同一程序则合并计算，若独立则分别执行。行政机关应严格遵循法定时限，当事人需关注各环节期限并主动维权。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。