结论前置：车辆未办过户但实际双方协议享有权利，其间被法院查封的，实际权利人通常可以提出执行异议，但能否成功阻止执行需视具体情况而定。
详细分析：
执行异议的提出：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，案外人（即实际权利人）对执行标的（即被查封的车辆）主张权利的，可以向执行法院提出书面异议。这是实际权利人维护自身权益的一种法律途径。
实际权利人的证明责任：
- 实际权利人需要提供充分的证据证明其对车辆享有真实的权利。这通常包括双方签订的协议、付款凭证、车辆使用记录等。这些证据应当能够形成一个完整的证据链，证明实际权利人对车辆享有占有、使用、收益等权利。
法院对执行异议的审查：
- 法院在收到实际权利人的执行异议后，会进行审查。审查的内容主要包括实际权利人提供的证据是否充分、是否真实有效，以及这些证据是否足以证明其对车辆享有权利。
- 如果法院认为实际权利人提供的证据充分且真实有效，且能够证明其对车辆享有权利，那么法院可能会裁定中止对该车辆的执行。反之，如果法院认为实际权利人提供的证据不足或存在瑕疵，那么法院可能会驳回其执行异议。
特殊情况下的处理：
- 如果车辆被查封是因为原车主涉及债务纠纷或其他法律纠纷，且这些纠纷与实际权利人无关，那么实际权利人提出执行异议的成功率可能会相对较高。
- 但是，如果实际权利人在购买车辆时知道或应当知道车辆存在权利瑕疵（如已被查封、抵押等），或者实际权利人与原车主之间存在恶意串通、逃避债务等行为，那么法院可能会认定实际权利人的异议不成立，并继续执行该车辆。
法律建议：
- 及时提出执行异议：如果实际权利人发现车辆被法院查封，且认为自己对该车辆享有权利，那么应当尽快向执行法院提出书面异议，并提供充分的证据支持自己的主张。
- 咨询专业律师：在处理此类法律纠纷时，建议实际权利人咨询专业律师的意见。律师可以根据实际情况为实际权利人提供法律建议、协助准备证据材料、代理出庭等法律服务。
- 保留相关证据：实际权利人在购买车辆时应当保留好相关证据（如协议、付款凭证等），以便在需要时证明自己的权利。同时，在车辆使用过程中也应当注意保留使用记录等证据。
可能后果：
- 如果实际权利人的执行异议被法院采纳，那么法院可能会裁定中止对该车辆的执行，实际权利人可以继续享有车辆的使用权等权利。
- 如果实际权利人的执行异议被法院驳回，那么车辆可能会继续被执行，实际权利人可能会面临车辆被拍卖、变卖等风险。此时，实际权利人可以考虑通过其他法律途径（如提起诉讼）来维护自己的权益。