针对您提出的“长期居住单位危房，未向单位申请，个人出资改造，现单位要收回该如何处理”这一问题，核心在于明确房屋产权归属、改造行为的性质以及单位收回的合法性依据，进而确定应对策略。以下分情况为您详细分析：

1. 若房屋产权完全归属单位，您仅享有居住权

• 单位收回的合法性：单位作为房屋所有权人，有权基于自身管理需要收回房屋，但需遵循法定程序（如提前通知、合理补偿等，具体看单位规章制度或双方约定）。
• 您的改造行为性质：未经单位同意擅自改造，可能构成对单位财产权的侵害。单位有权要求您恢复原状或赔偿损失，但若改造提升了房屋价值，单位也可能需给予一定补偿（需协商或诉讼确定）。
• 应对建议：
  • 与单位协商：主动沟通，说明改造投入（如费用、时间等），争取单位认可并给予补偿；或协商延长居住期限、置换其他住房等解决方案。
  • 保留证据：保存改造合同、付款凭证、房屋改造前后的照片等，以证明您的投入和房屋价值提升。
  • 法律途径：若协商无果，可咨询律师，通过诉讼或仲裁主张“添附”权益（即因您的改造使房屋增值，单位应给予合理补偿），但需注意，此主张需以单位存在过错或双方存在约定为前提。

2. 若房屋产权存在争议（如单位未取得完整产权、历史遗留问题等）

• 单位收回的合法性存疑：若单位无法证明其对房屋享有完整产权，其收回行为可能缺乏法律依据，您可拒绝搬离并主张继续居住。
• 您的改造行为性质：同样可能构成对实际产权人（如国家、其他单位或个人）的侵害，但若您不知情且改造合理，可能减轻或免除责任。
• 应对建议：
  • 核查房屋产权：要求单位提供房屋产权证明（如房产证、土地证等），或向房管部门查询房屋登记信息，确认产权归属。
  • 联合其他住户：若存在类似情况，可联合其他住户共同与单位协商或维权，增强谈判筹码。
  • 法律途径：若产权存在争议，可提起“确权之诉”，请求法院确认房屋产权归属，再根据结果处理收回问题。

3. 若单位收回行为违反法律法规或双方约定

• 单位收回的合法性：若单位收回行为违反《民法典》中关于“物权保护”“合同履行”等规定（如未提前通知、未给予合理补偿等），您可拒绝并主张权利。
• 您的改造行为性质：若改造行为经单位口头同意或默许（如单位曾表示“不反对”），可能构成“表见代理”或“默示许可”，单位需承担一定责任。
• 应对建议：
  • 审查单位规章制度：确认单位是否有关于房屋收回、改造补偿的明确规定，并据此主张权利。
  • 收集证据：保存单位曾同意改造的证据（如聊天记录、证人证言等），以证明单位存在过错或双方存在约定。
  • 法律途径：若单位收回行为违法，可提起“侵权之诉”或“合同之诉”，请求法院判决单位停止收回、赔偿损失或给予补偿。

总结与建议

• 优先协商：无论哪种情况，建议先与单位友好协商，争取达成双方都能接受的解决方案。
• 保留证据：改造投入、房屋现状、产权证明等证据是维权的关键，务必妥善保存。
• 及时咨询：若协商无果或情况复杂，建议及时向我咨询，我将根据具体证据和法律规定，为您制定详细的维权策略。

希望以上分析能对您有所帮助。如有其他疑问或需进一步帮助，请随时向我提问。