将协商好的借款合同改成两份，可能产生以下法律后果，需结合具体操作方式及合同条款内容综合判断：

1. 合同效力风险
   若两份合同内容完全一致（如仅因签署流程需要拆分），通常不影响法律效力，但需确保双方均持有完整合同文本且无条款冲突。
   若两份合同存在实质性差异（如金额、利率、还款方式等核心条款不一致），则可能引发以下问题：

   • “阴阳合同”争议：若一方主张以其中一份合同为准（如对借款人更有利的版本），需举证证明该版本为双方真实意思表示，否则可能因证据不足承担不利后果。
     
   • 合同欺诈嫌疑：若银行故意通过两份合同隐瞒关键信息（如实际利率高于约定），可能构成《民法典》第148条规定的欺诈，借款人可请求撤销合同并主张赔偿。

2. 履行义务混乱
   若两份合同对同一事项约定不同（如一份约定分期还款，另一份约定一次性还款），可能导致双方对履行方式产生分歧。此时需结合：

   • 签署时间顺序：后签署的合同通常视为对前合同的变更；
     
   • 实际履行情况：若一方已按某一版本履行（如按分期还款计划还款），可视为双方以行为确认了该版本效力；
     
   • 交易习惯：如银行长期采用单一合同模式，突然改为两份可能被认定为异常操作。

3. 担保责任风险
   若借款合同涉及担保（如抵押、保证），需确保担保合同与主合同匹配。若主合同被拆分为两份，可能需担保人分别签署担保协议，否则可能因“主从合同不对应”导致担保无效，银行丧失优先受偿权。

4. 监管合规问题
   根据《商业银行法》第35条，银行应严格审查借款人资信并确保合同条款清晰。若通过拆分合同规避监管（如隐藏真实贷款用途、拆分贷款额度以绕过审批限制），可能面临行政处罚，甚至构成“违法发放贷款罪”（若造成重大损失）。

建议行动方案：

1. 立即核对两份合同内容：重点比对金额、利率、期限、还款方式、违约责任等核心条款，标记差异点；
   
2. 固定证据：保留所有沟通记录（如邮件、短信、录音），证明合同变更过程及双方真实意图；
   
3. 书面要求银行说明：若发现矛盾或不合理条款，可发函要求银行出具书面解释并确认最终有效版本；
   
4. 咨询专业律师：若涉及大额借款或复杂担保结构，建议携带合同文本面谈，评估风险并制定应对策略。
   

（如有具体合同条款或操作细节需要分析，可直接向我提供更多信息，我将进一步为您梳理法律风险。）