当破产企业的债权经过债权人会议表决通过后，若债务人对此持有异议，可以按照以下步骤来处理：
一、深入了解异议的具体情况
主动沟通：
- 债务人应安排专业人员，如财务或法务人员，与持有异议的债权人进行积极沟通。通过会议、电话或书面函件等方式，详细了解其异议的具体内容、原因及诉求。
- 例如，如果债权人认为债权金额计算有误，债务人应详细询问其计算方法和依据，以便进行后续的审查。
审查异议合理性：
- 债务人应组织专业的财务或法务团队，依据相关法律法规、企业财务资料和合同协议等，对债权人提出的异议进行细致审查。
- 对于债权性质、金额或清偿顺序等争议点，债务人需深入研究合同条款及相关法律条文，确保判断准确无误。
二、按照法定程序解决异议
债权申报与确认程序的复查：
- 债务人应重新核查债权人的申报材料，包括原始凭证、合同等，确保债权申报的准确性。
- 如果债权人会议已经核查并编制了债权表，但债务人仍有异议，可以要求重新组织债权人会议进行核查，或直接向法院提出异议申请。
- 法院将对债权表进行形式和实质审查，并根据审查结果作出相应裁定。债务人应尊重法院的裁定，但也有权在规定期限内提起复议。
异议复议程序：
- 若债务人对管理人审查结果或法院裁定有异议，应在规定期限内提起复议，并提交详细的复议申请和相关证据。
- 法院将组成合议庭进行审理，听取债务人和债权人的陈述和辩论，并根据审理结果作出维持、变更或撤销原裁定的裁决。
三、寻求和解或妥协
协商和解方案：
- 在不损害其他债权人利益的前提下，债务人可以与持有异议的债权人进行协商，探讨调整债权金额、延长清偿期限或提供担保等和解方案。
- 例如，债务人可以提出分期偿还债务的方案，并提供相应的资产抵押作为担保，以争取债权人的理解和接受。
争取债权人妥协：
- 债务人应通过客观分析企业的财务状况、资产处置情况和清偿计划，增强债权人的信心和理解。
- 可以邀请专业的财务顾问或行业专家提供分析和预测，为债权人提供准确信息，促进双方达成妥协。
四、执行法院裁决并做好沟通解释
严格执行裁决：
- 一旦法院作出最终裁决，债务人应严格按照裁决结果执行，确保破产程序的顺利进行。
沟通解释工作：
- 债务人应及时向持有异议的债权人沟通和解释裁决的依据和理由，争取其理解和接受。
- 在沟通过程中，债务人应保持耐心和细致的态度，避免债权人采取过激行为影响破产程序的正常进行。
五、注意事项
- 在整个处理过程中，债务人务必保持公平公正的态度，不偏袒任何一方，确保所有债权人的合法权益得到平等对待。
- 加强与债权人的沟通，保持信息的透明和畅通，减少误解和疑虑，为顺利解决异议创造良好的氛围。
综上所述，当破产企业的债权经过债权人会议表决通过后，若债务人对此持有异议，应通过深入了解异议情况、按照法定程序解决、寻求和解或妥协以及执行法院裁决并做好沟通解释等策略来处理，以确保破产程序的顺利进行并维护各方的合法权益。