如果公司多扣了员工工资，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与公司协商
   首先，建议员工与公司的人力资源部门或直接上级进行沟通，明确指出工资被多扣的情况，并要求公司核实并纠正错误。在协商过程中，员工可以提供工资条、银行流水等证据，以支持自己的主张。如果公司承认错误并愿意补发工资，这是最快捷的解决方式。

2. 向劳动监察部门投诉
   如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查，并要求公司限期整改。在投诉时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、银行流水等，以证明公司存在多扣工资的行为。劳动监察部门会根据调查结果，依法对公司进行处理，并帮助员工追回被多扣的工资。

3. 申请劳动仲裁
   如果劳动监察部门的处理结果未能满足员工的需求，或者公司拒绝配合调查，员工可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，员工需要提交仲裁申请书、相关证据材料等。劳动仲裁委员会会依法进行审理，并作出裁决。如果裁决支持员工的诉求，公司需要按照裁决结果补发工资，并可能承担一定的法律责任。

4. 提起诉讼
   如果员工对劳动仲裁结果不满意，或者公司拒绝履行仲裁裁决，员工可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明公司存在多扣工资的行为，并请求法院判决公司补发工资及承担相应的法律责任。法院会依法进行审理，并作出判决。

在处理多扣工资问题时，员工还需要注意以下几点：

• 保留证据：员工应妥善保管与工资相关的所有证据，如劳动合同、工资条、银行流水等。这些证据在后续的协商、投诉、仲裁或诉讼过程中都将起到关键作用。
• 及时行动：一旦发现工资被多扣，员工应尽快采取行动，以免超过法定的维权时效。
• 了解法律法规：员工应了解相关的劳动法律法规，以便更好地维护自己的合法权益。例如，《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规都明确规定了员工的工资权益和公司的义务。

如果员工在处理多扣工资问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供详细的法律建议和帮助。