综合计时工作制下，病假天数的计算需结合劳动法规定、企业规章制度及医疗期规定综合判断，核心结论如下：

1. 综合计时制不影响病假基本性质
   综合计时制是针对生产特点对工作时间进行的特殊安排（如集中工作、集中休息），但病假属于法定医疗期范畴，其天数计算仍以实际缺勤天数为准，与是否采用综合计时制无关。例如：员工因病缺勤3天，无论这3天是否跨越综合计时周期内的正常工作日或休息日，均按3天病假计算。

2. 医疗期长度决定病假上限
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期长度与员工工龄和在本单位工作年限挂钩（如3-24个月不等）。在医疗期内，企业不得解除劳动合同，且需支付病假工资（通常为当地最低工资的80%）。若员工累计病假超过法定医疗期，企业可依法解除合同，但需支付经济补偿。

3. 病假工资计算需区分阶段

   • 医疗期内：企业需按劳动合同或集体合同约定支付病假工资，但不得低于当地最低工资的80%。
     
   • 医疗期外：若员工继续休病假，企业可停发工资并依法处理劳动关系（如协商解除或到期终止合同）。

4. 企业规章制度可细化操作
   企业可在不违反法律强制性规定的前提下，通过规章制度明确病假申请流程（如需提供医院证明）、审批权限及扣发绩效工资等细则。但不得设定低于法定标准的医疗期或病假工资，否则条款无效。

实务建议：

• 员工：保留好医院出具的病假证明，及时提交企业；若企业拒付病假工资或违法解除合同，可申请劳动仲裁。
  
• 企业：制定合法合规的病假管理制度，明确医疗期计算方式（如按自然日或工作日累计），避免因程序瑕疵引发纠纷。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步说明细节，我会结合法律条文和司法实践为您详细分析。