在行政复议中，若以不具备主体资格为由提起诉讼，通常应当起诉作出原行政行为的行政机关。以下是对这一问题的详细分析：
一、行政复议与行政诉讼的主体资格
行政复议的主体资格：在行政复议中，申请人通常是认为具体行政行为侵犯其合法权益的公民、法人或其他组织。如果申请人不具备主体资格，即其并非该具体行政行为的直接相对人或利害关系人，那么其复议申请可能会被复议机关驳回。
行政诉讼的主体资格：在行政诉讼中，原告同样需要具备主体资格，即其必须是认为行政行为侵犯其合法权益的公民、法人或其他组织。如果原告不具备主体资格，法院将裁定驳回起诉。
二、以不具备主体资格起诉时的被告确定
一般原则：在行政诉讼中，如果原告以不具备主体资格为由提起诉讼，但法院最终认定原告确实不具备主体资格，那么该诉讼通常会被驳回。然而，问题的关键在于，如果原告错误地以不具备主体资格为由对某个行政机关提起诉讼，而实际上该行政机关并非作出原行政行为的机关，那么被告的确定就显得尤为重要。
被告应为作出原行政行为的机关：根据行政诉讼法的相关规定，公民、法人或其他组织直接向人民法院提起诉讼的，作出行政行为的行政机关是被告。因此，在行政复议中，如果申请人以不具备主体资格为由对复议机关提起诉讼（这通常是不恰当的，因为复议机关并非原行政行为的作出机关），但实际上其应当起诉的是作出原行政行为的行政机关，那么法院应当告知原告变更被告，或者如果原告不同意变更，则裁定驳回起诉。但更常见的情况是，原告直接对作出原行政行为的行政机关提起诉讼，只是其主张的理由可能包括“不具备主体资格”这一错误认知，此时被告仍然是作出原行政行为的行政机关。
特殊情况：如果复议机关改变了原行政行为，那么原告可以选择起诉复议机关或作出原行政行为的机关。但在此情况下，如果原告以不具备主体资格为由起诉，且该理由与复议机关的改变行为无关，那么被告的确定仍应基于原行政行为或复议改变后的行为，而非单纯基于“不具备主体资格”这一理由。不过，从实践角度看，以不具备主体资格为由起诉复议机关（就改变行为而言）的情况较为罕见，因为复议改变通常意味着复议机关成为了新的行政行为作出者。
三、法律建议
明确主体资格：在提起行政复议或行政诉讼前，务必明确自己是否具备主体资格，即是否是该行政行为的直接相对人或利害关系人。
正确确定被告：如果决定提起诉讼，应确保起诉的是作出原行政行为的行政机关（或复议改变后的复议机关，如适用），而不是其他无关机关。
寻求专业帮助：由于行政诉讼涉及复杂的法律程序和实体问题，建议寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到妥善维护。
如果您在行政复议或行政诉讼中遇到任何问题，或者对主体资格、被告确定等方面有疑问，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律解释和建议。