医疗机构私自将中药打粉的处罚需根据具体情形判断，可能涉及行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任，具体如下：
若违反药品管理法规但未造成严重后果
根据《中华人民共和国药品管理法》第一百一十七条，医疗机构若未取得药品生产许可擅自将中药打粉（属于药品生产行为），可能被药品监督管理部门责令关闭、没收违法所得，并处违法生产药品货值金额十五倍以上三十倍以下的罚款；货值金额不足十万元的，按十万元计算。
关键点：需确认中药打粉是否属于“生产药品”行为（如改变剂型、工艺等），若仅是简单粉碎且未宣称疗效，可能不构成生产行为，但需结合具体操作判断。
若造成患者损害
若私自打粉的中药存在质量问题（如掺杂、污染）或未按标准操作导致患者健康受损，医疗机构需承担《民法典》第一千二百一十八条规定的医疗损害责任，包括赔偿医疗费、误工费、残疾赔偿金等。
关键点：患者需证明损害与打粉行为存在因果关系，医疗机构可通过举证自身操作符合规范来抗辩。
若涉及假药、劣药
若打粉的中药被认定为假药（如以非药品冒充药品）或劣药（如未标明有效期），根据《药品管理法》第一百一十六条、第一百一十八条，医疗机构可能面临更严厉的处罚，包括吊销执业许可证、对直接责任人员处十年以上终身禁止从事药品生产经营活动，甚至追究刑事责任（如生产、销售假药罪）。
关键点：需通过药品检验机构鉴定确认是否属于假药/劣药。
若未违反药品管理法规但违反内部规定
若医疗机构内部规定禁止私自打粉（如为规范管理、避免交叉污染），但未违反国家法律法规，则可能仅面临行政处分（如警告、罚款）或行业内部处罚，不涉及上述法律责任。
关键点：需区分“内部规定”与“法律法规”的效力边界。
建议：医疗机构应严格遵守《药品管理法》《医疗机构制剂配制质量管理规范》等法规，若需将中药打粉，应依法取得制剂许可证或委托符合资质的单位加工，并确保操作符合药品生产质量管理规范（GMP）。若已发生私自打粉行为，建议立即停止并评估风险，必要时咨询律师制定应对方案。
如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律责任。