当行政复议决定变更了行政赔偿决定，在起诉时，您应当选择以作出变更后的行政赔偿决定的行政机关为被告进行起诉。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。在行政复议过程中，如果复议机关改变了原行政行为（包括行政赔偿决定），那么复议机关就成为了新的被告。这是因为复议机关的变更决定已经对原行政行为进行了实质性的改变，从而成为了新的行政法律关系的主体。
二、具体情境分析
复议机关变更原赔偿决定：
- 当复议机关认为原行政赔偿决定存在错误或不当，并作出变更决定时，这意味着复议机关已经对原赔偿决定进行了实质性的审查和调整。
- 在此情况下，如果您对复议机关的变更决定不服，应当以复议机关为被告提起行政诉讼。
复议机关维持原赔偿决定：
- 如果复议机关维持了原行政赔偿决定，而您对该决定不服，那么您应当以作出原赔偿决定的行政机关为被告提起行政诉讼。但本题中复议机关已经变更了原决定，所以此情况不适用。
复议机关不予受理或逾期不作决定：
- 如果复议机关不予受理您的复议申请，或者逾期不作出复议决定，您可以在收到不予受理决定书之日起或者行政复议期满之日起十五日内，依法向人民法院提起行政诉讼。但此情况同样不适用于本题，因为本题中复议机关已经作出了变更决定。
三、起诉时的注意事项
确定被告：
- 在起诉时，务必明确被告是作出变更后的行政赔偿决定的行政机关（即复议机关）。
准备证据材料：
- 收集并整理与案件相关的证据材料，包括原行政赔偿决定、复议机关的变更决定、相关证据等。
撰写起诉状：
- 撰写起诉状时，应明确诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
遵守诉讼程序：
- 按照法院的要求，按时提交起诉状和相关证据材料，并遵守诉讼程序的规定。
四、可能的法律后果
- 如果法院认为复议机关的变更决定合法、合理，可能会维持复议机关的决定。
- 如果法院认为复议机关的变更决定存在错误或不当，可能会撤销或变更复议机关的决定，并责令复议机关重新作出决定。
总结与建议：当行政复议决定变更了行政赔偿决定时，您应当选择以作出变更后的行政赔偿决定的行政机关为被告进行起诉。在起诉前，请务必收集并整理好相关证据材料，并撰写好起诉状。如果您在起诉过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。